连最基础服务都不让我们专业人士来做了

但是刚才(今天上午八点)在粉丝交流群,看到这样的提问:
我心里一紧,这个最基础的学习辅导服务,大家也可以互相帮忙搞定了,不过善良的我还是回答了这个问题。
这个miRNA Expression Quantification (n=5) GDC Hub 是没有问题哦,之所以他想授课的文献里面有几百个人的miRNA数据,其实是表达芯片啦。有意思的是gdc官网不提供miRNA-array下载了,而且ucsc的xena里面也没有。不过,好在我写的教程足够多,其实还可以选择R语言的RTCGA包获取TCGA数据。
关于TCGA数据库
众所周知,TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库,包括:
  • DNA Sequencing
  • miRNA Sequencing
  • Protein Expression array
  • mRNA Sequencing
  • Total RNA Sequencing
  • Array-based Expression
  • DNA Methylation
  • Copy Number array
知名的肿瘤研究机构都有着自己的TCGA数据库探索工具,比如:
  • Broad Institute FireBrowse portal, The Broad Institute
  • cBioPortal for Cancer Genomics, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
所以我挑选了部分,写了6个数据下载系列教程
如果大家觉得自己在授课的时候耗费太多时间备课,而且还没有把握,可以考虑直接让你们的朋友参加我们的数据挖掘第2期(两天变三周,实力加量),医学生/临床医师首选技能提高课。全年滚动开课。我们全职的讲师和助教团队,可不能生锈和吃灰啊!

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