TCGA数据库的初次了解 / 开普饭

除了利用SEER.TARGET数据,你还可以利用这个数据库做预测模型,这个数据库就是TCGA呀,TCGA也包含大量的临床信息,可以通过下载它的临床数据来进行预测模型,TCGA临床数据的下载方法有很多种 ...

学TCGA数据库并不是为了发"套路"文章,那些基本上是本科生毕业设计的水准,但是阅读这样的文章的确可以很大程度上帮助大家认识TCGA数据库,主要是了解它可以做什么,比如我昨天在生信 ...

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

该数据是我自己下载整理过的数据. 下载日期:2021年7月12日下载方式:TCGAbiolinks包数据类型:RData 变量名称:expDataTPM > ##加载数据,数据对象是一个数据 ...

GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Arr ...

其中有一件事值得回忆一下,也想借此机会组建新的学习小组开启新的TCGA数据库挖掘之旅,学习小组在文末! 忆苦思甜不过,忆苦思甜嘛,当初涨粉最多的就是:标准TCGA大文章需要哪些数据?[赠重磅资料] ...

分析基本思路: 1.首先我们应该要知道什么是肿瘤的免疫细胞浸润模式,通过一些什么样的原理,可以用什么样的软件进行分析. 肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织,开始发挥它的作用,可以从肿瘤组 ...

让我们一起科研吧~ 小燕子肿瘤微环境是当前研究的一个热点,无论是国自然还是发SCI,都是比较热的点,那么,数据挖掘也不例外,很多人喜欢追随这样的热点.(肿瘤微环境是指肿瘤的发生.生长及转移与肿瘤细胞 ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

在August 2018文章看到,作者使用了 49 FDA approved drugs to the 5605 tumor samples from 21 cancer types 这样的信息. T ...

看自己感兴趣的基因在自己研究的癌症的预后相关性是高频需求,其实就是拿到基因在癌症病人的表达信息,然后就可以根据表达量高低对病人进行分组,最后这个分组是否统计学显著的把病人的生存情况区分开来. 但是我没 ...

如果你不懂代码,不懂网站规则,那么最简单的就是直接使用UCSC xena 浏览器啦!!!网站:https://xenabrowser.net/datapages/ 理论上也可以完成大部分数据探索的,甚 ...

因为TCGA计划跨时太长,这些年找somatic变异的软件也很多,所以TCGA团队下功夫在计划结束后(April 2018)完整的系统性的整理了最后的somatic突变数据.依托于文章:[Scalab ...

简称为: TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource (TCGA-CDR) 前面我们推送过另外两个大全: TCGA数据库maf突变资料官方大全 TCGA的pan-ca ...

TCGA数据库的初次了解