有了这个包，猪的GSEA和GSVA分析也不在话下（第一集） / 开普饭

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事. TCGAbiolinks数据下载TCGA数据下载TCGA数据的方法有很多,但比较好用的包我认为就是TCGAbiolinks,T ...

单细胞图谱时代早就过去了,不再是随便选取一个物种,一种组织或者一种疾病,挑选几个样品做单细胞,简单的说明清楚其单细胞亚群组成比例和生物学意义就足够的时机了.但是图谱既然是被做烂了的思路,就应该是有系统 ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定 ...

我在我在04-转录组笔记推文任务列表(半年期)里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家,可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多.(https://share.mubu.com/doc/14uneH ...

(现在学习量和弹幕都非常少,大家的机会来了哦!) https://www.bilibili.com/video/av81874183 前奏最近做的生存分析都是奇奇怪怪的,从来没有重复出作者的图.哈哈 ...

A regulatory microRNA network controls endothelial cell phenotypic switch during sprouting angiogene ...

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID.超几何富集分析等.都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation ...

与此同时,不少粉丝对GSVA或者ssGSEA分析方法提出了要求,变相催稿.其实GSVA或者ssGSEA是有成熟的工具,我暂时没有找到它们的卖点.不过,我注意到了一个GitHub包,ncborcherd ...

GSEA 相信看过我生信菜鸟团博客的朋友都已经耳熟能详了的,其需要样本的描述以及分组信息,来计算每个基因的差异度量对它们进行排序,然后走GSEA. 虽然有ssGSEA这样的单样本的分析,但仍然不够,也 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2505天这款全能型工具,不容错过! 我们解螺旋曾在2019年给大家介绍过一款重磅挖掘TCGA数据库的工具,一款超牛超好用的超燃神器,是由华中科技大学生命科学院郭安源教授 ...

<道德经>"玄之又玄,众妙之门" gsea和gsva算法大家应该是都很熟悉了,我也多次讲解: GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) GSEA的统计学原理试讲 GSV ...

2020年非肿瘤的免疫浸润肯定是一个大热门!还没有做的小伙伴就参考着这篇文章可以开始设计自己的课题了. Elucidating the molecular pathways and immune sy ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

有了这个包，猪的GSEA和GSVA分析也不在话下（第一集）