基于Seurat结果推断单细胞群肿瘤纯度之ESTIMATE
相关推荐
-
单细胞工具箱|Seurat官网标准流程
学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...
-
Seurat学习与使用(一)
简介Seurat是一个r包,被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析.Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源,同时提供整合不同类型的单细胞数据的函数.目前Seur ...
-
使用PyClone来推断肿瘤纯度及肿瘤内部亚克隆结构
首先要了解什么是肿瘤异质性:http://cnvkit.readthedocs.io/en/latest/heterogeneity.html 肿瘤异质性可分为肿瘤间异质性和肿瘤内异质性,其中肿瘤内异 ...
-
基于DoDAF STK 的集群协同探测功能架构建模与仿真*
0 引言 面临战场环境的高度对抗性.不确定性和动态性,无人机作战样式已逐步从单平台作战向多平台"集群"作战方向发展[1-4].正如美国空军顾问指出的:"未来作战飞行器应当 ...
-
基于文本表示推断化学反应的实验步骤
今天给大家介绍的是nature communications上有关化学反应实验步骤预测的文章 "Inferring experimental procedures from text-bas ...
-
R语言stan进行基于贝叶斯推断的回归模型
原文连接:http://tecdat.cn/?p=6252 R的Stan 可以从许多统计软件包中运行Stan.到目前为止,我一直在从R运行Stan. 简单线性回归 第一步是为Stan模型编写文件.这包 ...
-
基于α-GalCer和iNKT细胞的肿瘤免疫治疗
自然杀伤T细胞NKT细胞是特化T细胞的异质子集,这些细胞显示出先天的细胞样特征,即对抗原暴露快速反应,再加上适应性细胞对抗原识别的精确性和多样化的效应反应.NKT细胞的优势在于具有同时激活各种效应细胞 ...
-
使用sequenza软件判定肿瘤纯度
软件官方主页是:http://www.cbs.dtu.dk/biotools/sequenza/ 算法描述及使用说明均可以在官网找到.软件结构介绍该软件包括两个部分:a python-based pr ...
-
使用ESTIMATE来对转录组表达数据根据stromal和immune细胞比例估算肿瘤纯度
文章发表于 (2013). "Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression da ...
-
100篇泛癌研究文献解读之ESTIMATE算法计算肿瘤纯度
为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...
-
seq-ImmuCC实战推断小鼠的肿瘤免疫微环境
前面我在<生信菜鸟团>公众号介绍了 小鼠的肿瘤免疫微环境推断可以用seq-ImmuCC,本来是想布置作业让大家下载https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproje ...