基因结构可视化，是不是有坑？！ / 开普饭

多组学通路富集分析工具:ActivePathways ActivePathways是一种在分子通路.生物学过程和其他类型基因集的背景下分析多个组学数据集的方法.该软件包通过合并p值来组合基因或蛋白质水 ...

▼分类: 生物信息学1:软件网址:https://ccb.jhu.edu/software/glimmerhmm/2:下载近源物种的gff文件以及基因组序列,这个近源物种的寻找,个人的方法就是搞清楚你 ...

本文由沐子星根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读今天我们学习物种内部的基因共线性分析,基因的共线性分析在基因家族类分析中很常见,通常基因家族主要通过串联重复.片段复 ...

植物基因组结构变异(Structural variations, SVs)包括基因插入/缺失变异和拷贝数变异,与单核苷酸多态性和表观遗传差异一起构成种内和种间可遗传表型的多样性.了解SVs在植物表型变 ...

高通量数据下载还能这样操作? 谁能告诉我,这数据测毁了么? 目的: 在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构, ...

很多时候,一图胜千言,故还是先放一张结果图片为什么写? 写这个工具,主要是为了课题需要...当然主要也是为了方便. 这个工具,比较有趣,一个图片主要是有三部分,这也意味着,这三部分的信息是相对独立, ...

有良心的科研,都是应该做出哪怕是一点点的贡献.反感任何人只是鼓励别人发文章灌水. 写在前面半个月前,我推了一个<任何人都能掌握-基因家族分析>的腾讯课程(原本事实是开给课题组).在热身课 ...

写在前面课题组目前做一些基因组相关工作.了解基因组的朋友应该明白,基因结构注释错误几乎遍布所有基因组,包括我们目前看到的大多数即使是发表在顶级期刊的工作.生物是复杂的,而算法是存在局限的.所以人工矫 ...

IGV-Gene Structure Annotation Manual Editor,简称IGV-GSAme 写在前面 igv是目前最常用的本地基因组浏览器,与其开发的目标类似,用于整合各种类别的高 ...

写在前面这大半个月我都在医院待着,确实无法做太多事情,于是选择看一些文献.选择的是目前开发最完善,且可以说是在IGV-GSAme[之前我改造的IGV版本]出现之前的唯一一款基因结构注释人工矫正软件- ...

写在前面物种进化与基因进化,两者总是生物学研究的关注点之一.物种进化的基础,应是基因层面的演化.而基因进化的基础更多的来源于基因复制.常见的基因复制包括: 全基因组复制,WGD 大片段复制,Segm ...

写在前面很久很久以前,我就已经写过 GFF3/GTF 注释信息的部分提取功能.每一个GXF文件,往往包含的两万个左右基因(数万个转录本)的外显子,CDS等信息.而我们一般感兴趣的,常常只是其中的一些 ...

基因结构可视化，是不是有坑？！