GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 / 开普饭

GSVA其实就是pathway级别的差异分析,根据GSVA的原理其实就是计算每个sample的GSEA然后得出类似pathway enrich score,把这个可以当作芯片的表达数据一样,再用lim ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

在GSEA分析中,在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了很多基因集,下载的基因集是gmt格式文件.下载的gmt格式文件,打开后可以看见是下面这个样子 ...

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID.超几何富集分析等.都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation ...

跟我学算法算法教学其实,算法讲了好久了吧? 只是前两天,有同学问了个算法的题. 真的是,不清不楚的. 突然的,就有了想炫一把的冲动. 我也想告诉全天下,最苦逼的数学老师: 只要你愿意,就算是算法, ...

欢迎来到<每周CV论文推荐>.在这个专栏里,还是本着有三AI一贯的原则,专注于让大家能够系统性完成学习,所以我们推荐的文章也必定是同一主题的. 人脸伪造/换脸算法目前在一定程度上已经达到了 ...

大家好,我是对白. 图神经网络(GNN)相信大家也不陌生了,在还没有Graph Embedding之前,节点的属性信息可以通过Item2vec这种序列化Embedding的方式去学习,效果虽然不错,但 ...

前两天介绍了一个开发中的单细胞数据分析相关R包,内置了,4(热图,气泡图,upset图,堆叠条形图)+4(密度散点图,半小提琴,山峦图,密度热图)美图,见 8种方法可视化你的单细胞基因集打分 ,蛮多小 ...

iQOO在各大电商销售持续火爆,iQOO新机已陆续抵达消费者手中,网友对iQOO的使用反馈也越来越多.根据网友的评价,iQOO延续了vivo在拍摄方面一向优秀的传统,此次更是一骑绝尘,将一众高配手机甩 ...

传统育儿经 1篇原创内容公众号一切言动,都要安详-第2集開吉法師主講 2019/12/21 视频学习: 课程全文: [一切言動.都要安詳.十差九錯.只為慌張.] 這句話我們看到『言動』,這個「言 ...

王羲之本人都没看过!集王羲之书法<岳阳楼记>,单字精彩,气韵流畅,集字佳作,值得收藏.

癌症是当今最可怕的疾病之一,致死率极高. 大家对癌症了解越来越多的同时,是否曾经考虑过一个问题:为什么我们的细胞动不动就要癌变?它们难道就不能变成其他的样子? 很抱歉,不能. 这是由我们体内的基因所决 ...

GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的