NAR｜北大/中科院计算所团队发布基因功能富集分析平台KOBAS-i / 开普饭

前几天和大家介绍了一下GEO数据库以及使用GEO2R进行差异表达分析GEO2R差异表达分析软件.几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后,都会去做GO和KEGG富集分析.那么GO和KEGG都是什么?富 ...

我们研究一个基因的时候,首先还是要知道这个基因的功能的.之前介绍很多数据库都可以用来查询基因的功能.比如最经典的genecards数据库介绍或者ncbi-gene数据库介绍在这两个基因综合信息查询数据 ...

在进行高通量测序的时候,我们在会得到很多的候选基因.但是对于基础实验而言,我们往往只需要寻找到这些基因当中重要的那些基因来进行后续的实验即可.但是这么多基因该怎么寻找的呢? 这个一般可以通过通路富集或 ...

写下前面: 现在已经是19年了,年底也快到了,各地的会议也在朋友圈此起彼伏.想想我做生物信息也三年了.故事总在发展着,去年我总结了我的生信之路,写了我是如何开始做生信的.今天我将为大家带来新的一年来的 ...

富集分析基因富集分析(gene set enrichment analysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白.研究方法可分为三种:Over-Repressentation Analy ...

在之前进行富集分析介绍的时候,我们提到过关于富集分析是什么,以及富集分析的算法主要有哪些.在这么多的算法在进行富集分析的时候,就会让我们产生这样的疑问,那么多算法当中到底哪个更好呢?我在做完富集分析之 ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

转录组.蛋白组等测序结束后,筛选差异基因之后需要做的第一步工作可能就是需要功能富集,看基因的作用.做富集的工具也有很多,在线的工具也有大批,但是总体来说更新较慢,可视化操作不是很强. R语言成了很多人 ...

这个网站作图有多好? 官网图例分析报告模仿科研论文的格式来展现分析结果,图文并茂,对生物学者极其友好: 报告中详细阐述了分析方法和图形的意义,而且图形都含可以发表的高清晰文件格式: 报告还提供了格式 ...

hello大家好,小月亮又和大家见面了.上篇软文小月亮给大家介绍了NetworkAnalyst3.0工具的概览.这次小月亮就给大家详细介绍NetworkAnalyst3.0工具如何对单.多个基因列表数 ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 功能富集分析在得到了差异基因的基础之上,进一步进行功能富集分析,这里 ...

诊断和治疗异质性脑部疾病需要具有跨遗传学.蛋白质组学和神经成像多个学科的专业技术.NeuroPM-box旨在满足这一需求,它是一款用户友好.开放访问.多工具的跨平台软件,能够描述多尺度和多因素的神经病 ...

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