3 wes测序质量的控制 / 开普饭

前面我们介绍了一系列的LncRNA鉴定相关文献的案例精选: 4个发育时间点的总共12个鸡转录组测序样本的长非编码RNA的鉴定 59匹马的8个组织的长非编码RNA的鉴定 9个组织的37个样本的大豆的长非 ...

最近服务器又停电,发现几个星期前提交的项目失败了几个样本: P5_DCIS P2_Norm P4_DCIS P2_DCIS P9_DCIS P10_Norm P9_Norm 所以我就去检查 c ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

前些天我在生信技能树提出来了一个转录组数据分析的疑难杂症:RNA-seq的fastq文件里面为什么有gc含量的双峰,就是fastq测序数据质量控制的时候发现了GC含量的双峰,然后我简单分析了那些高重复 ...

在研究组织或者肠道微生物时,常常需要去除宿主的DNA序列,以防止宿主的序列干扰研究.去宿主序列的主要研究方法是通过将质控后的序列与宿主基因组进行比对,将比对上的序列进行去除.比对软件通常有bowtie ...

前面我带领大家通过IMGT数据库认知免疫组库,而且也一起从IMGT数据库下载免疫组库相关fasta序列,免疫组库重要的研究对象就是分成BCR的IGH,IGK,IGL这3类,以及TCR的TRA,TRB, ...

写这篇文章的原因,是上一期大数据与生物信息结合的介绍没有自己的服务器如何学习生物数据分析(上篇) 和没有自己的服务器如何学习生物数据分析(下篇)(点击可以直接阅读)在生信技能树公众号发布以后,很多 ...

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下他自己领域的一个文章的转录组测序数据.因为那个文章并没有提供表达量矩阵,不过万幸的是人家上传了原始测序数据. 因为他的课题是 ...

学徒在完成转录组实战任务的时候,出现了一个小bug,自顾自的纠结了一晚上不过来寻求我的帮助.让我非常生气,因为确实是很简单的两个小技巧,主要是理解全局变量.环境变量. 就是hisat2进行批量比对代码 ...

我都忘记了自己的NGS流程系列增加了一个miRNA测序数据分析: 免费视频课程<RNA-seq数据分析> 免费视频课程<WES数据分析> 免费视频课程<ChIP-seq数 ...

rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切使用SGSeq探索可变剪切用DEXSeq分析可变 ...

前些日子我们<生信技能树>的工程师做了一个ATAC-seq的项目,给客户汇报结果的时候,照例提供了全套代码.不过这次是从fq文件开始,所以大量代码都是在Linux平台的命令行而已,虽然给了 ...

前面我们发布了明码标价之普通转录组上游分析,终于开始接单了,第一个项目介绍98个转录组测序数据的表达量获取,超级简单,就是耗费计算资源,500G的fastq数据文件,中间步骤加起来,起码耗费2个T的 ...

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