TCGA甲基化分析数据库
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解螺旋公众号·陪伴你科研的第2487天 文末有惊喜 从小白的角度,一刻钟复现生信套路.各位小伙伴大家好,我是解螺旋的雪球.今天雪球为大家带来一篇2020年10月份发表于Aging-US(影响因子:4. ...
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热乎的5.5分SCI,来看看最新的预后模型文章是怎么做的
在本项研究中,作者下载TCGA结直肠癌(CRC)数据作为训练集,GEO数据库(GSE40967,GSE12945,GSE17536,GSE17537)作为验证集.从分子特征数据库中选择上皮间质转化相关 ...
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[数据库介绍]MEXPRESS:TCGA甲基化分析数据库
TCGA数据库是一个包括33种癌的各个组学的数据库.我们通过TCGA数据库可以观察每个人的基因表达的变化:甲基化的变化:拷贝数的变化:以及他们的临床信息.MEXPRESS(https://mexpre ...
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TCGA蛋白分析数据库
功能蛋白质组学是对蛋白质在功能活性水平(例如表达和修饰)的大规模研究.对诸如癌症等复杂疾病的研究表明,遗传改变并不能说明该疾病的所有原因.蛋白质水平和结构的变化也已显示在肿瘤发展和进展中起关键作用,而 ...
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MethSurv:TCGA甲基化分析工具
导语 DNA甲基化是当前研究最多的表观遗传修饰,对于促进胚胎发育,基因组印记和X染色体失活等重要生物过程至关重要.在甲基化研究的技术手段中,HM450K芯片在癌症甲基化组数据集中占主导地位.TCGA数 ...
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疾病相关甲基化分析数据库
当我们拿到一个基因,常规分析它的高低表达及功能后,还能从哪方面入手呢?大家都知道DNA甲基化修饰在人类疾病中发挥重要作用,尤其影响癌的发生发展,所以我们可以来探讨一下目的基因的甲基化情况.之前的推荐的 ...
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可能是最出名的TCGA表达分析数据库(二)
有小伙伴说想知道GEPIA数据库的用法.正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能.所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧.昨天我们介绍了其中一部分,这里我们来说一下后面的一 ...
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TCGA多组学关联分析数据库
之前我们介绍了很多TCGA方面的数据库.其中GEPIA只能用来分析表达数据库各个方面的.cBioPortal可以进行多组学分析,但是一般都是分析自身基因和自身突变等等的关系.至于CVCDAP分析的则是 ...
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TCGA多组学联合分析数据库
之前我们在介绍GEPIA的时候,说这个数据库只能用于TCGA表达数据的一些分析.但是对于TCGA数据而言,里面包括相同样本的表达.突变.拷贝数.甲基化以及临床信息等数据,所以我们其实可以利用TCGA数 ...
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m7G与疾病相关性分析数据库
说起RNA甲基化,在调控基因表达.编辑.稳定性及降解等方面扮演重要角色,相比于 DNA 甲基化,RNA甲基化显得更加复杂,普遍存在于各种生物中.主要包括m1A.m5C.m6A及m7G等.其中m6A甲基 ...
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背景:全基因组分析造血细胞中的DNA甲基化:WGBS的DNA甲基化分析
全基因组分析造血细胞中的DNA甲基化:WGBS的DNA甲基化分析 First Online: 23 July 2017 译者注意:文章感觉什么都没说,也就是讲一下背景,测序中的步骤,可以了解一下,中间 ...