Mapman-完全上手指南-Part_3（Mapman系列之五）

写在前面

近期课题组课题均比较赶，个人的时间受到进一步压缩，当然平时也差不多。无论如何，正如早上微信转发的一个推送一般，无论再忙，我们还是要安排出一小部分时间，做自己感兴趣的事情。而我目前感兴趣的事情，莫过于随便写写，以减少湿实验的朋友在分析上需要耗费的时间 —- 写一些几乎所有人都能看懂的图文教程，自然不用再在以后回答师兄师姐师弟师妹的问题，毕竟每个人最贵的，莫过于时间。
自从推出mapman教程之后，有不少朋友联系过来，大部分是表示感谢。当然也存在少数几个朋友的逻辑比较奇怪。似乎，我写了mapman教程就有义务回答相关问题似的，我基本没回复过同时内心最标准的回答应该是首先我本来就不是写给你看的，其次我对你遇到的任何困难，其实一点兴趣没有。懒得理你。简单一句话，
经常问问自己，凭什么拿别人的时间实现自己的梦想？，相互提醒。

出发点

OK。无论如何，Nice的朋友还是很多的。既然总是有人问同样一个问题

Mapman的注释似乎不全面，通路也挺少的，用起来很不顺手

那怎么办？
简单啊。我们自己画。本推，乘着提RNA的间隙，演示一下怎么自己整理出可以在Mapman上展示的图片。

实现逻辑

根据前面几篇推文的信息，我们知道mapman的实现逻辑很简单，

  1. Pathway, 包括了图片 以及 每个 Ontology Term 在图片上的坐标（二维图片上，X-Y坐标确定了位置），同时也包括了其他一些信息

  2. Mapping，主要是一个Ontology Term与Term之间的关系，以及 GeneID 到 Ontology之间的关系

  3. Experiment，我们的表达量矩阵或者差异表达信息结果矩阵
    如果不知道这部分在说什么的，请先查看前面的Mapman系列一，二，三，四：

mapman 植物基因功能分析神器！（mapman系列之一）
mapman-安装与配置-（mapman系列之二）

Mapman完全上手指南-Part_1（Mapman系列之三）

Mapman-完全上手指南-Part_2（Mapman系列之四）

OK。Experiment数据是不变的，那么我们需要的就是，制作两个文件，即Pathway 和 Mapping

通路图片的获取

我们需要的是一个Mapman上从来没有存在过得通路，那么就需要一张图片来满足mapman的需要，一张通路图片肯定就是两种方式：

  1. 自己画 （.png，.svg）主要这两个格式，一般建议画SVG格式，长宽控制1000*1000以内

  2. 直接从文献上截取

  3. 结合1. 2. ，你懂得，这个文章应该不小

本推使用最简单的方式（由一个朋友提供的一个论文的截图）：

其中包括ICE，CBF家族，ZAT10/12，LOS，RAP等家族
这张图就是我们最终要在上面愉快地展示所有基因表达信息或者差异表达信息的通路！

Mapping文件的准备

对于我们自定义的通路，Mapman官网当然对应的映射文件，所以我们需要自己制备，此处仅仅针对这个通路来制备，
我们需要准备一个五列的表格，包括

  • BINCODE —- 这一列直接自行定义编号，如 40 对于其次级，可以是40.1 比如MYB家族可以是40，对应的MYB1a，MYB1b则可以相应的使用40.1 ，而MYB2，也可以是相应的40.2

  • NAME —- 这一列这个蛋白/基因对应的一个显示名字，MYB1a 我们就写 MYB1a 就可以了

  • IDENTIFIER —- 这一列 最为关键，对应的是我们的实际基因编号，如 水稻的ID Os3g422743，或者苹果的 MDP0000283947，更或者无参考组装的结构Unigene0128等

  • DESCRIPTION —- 这一列主要是描述该基因的功能，如“DNA binding; Regulate Flowering Process”，事实上，我会直接用NAME相同的；而如果是有功能注释，也可以自行整理，主要是方便自己使用mapman

  • TYPE —- 这一列，对于基因或者转录本，我们就使用T 就可以了，其他的不用理会

对应我们要做的图，我大概随意做了这么一个表格

整理好了之后，注意了！！保存的格式最好是”excel 97~2003”的xls格式 而不是 xlsx格式（也可以是制表符风格的txt）

其中一个是Cold.png文献里面截图过来的通路，另一个是我们刚刚编辑好的映射信息.xls

开始制备通路

在弹出的对话框中，选择cold.png，即我们需要的通路图片文件（注意，个人是建议SVG格式的图片，那样最终可以设置完美的分辨率）

再接下来的弹窗可以直接点击Cancel，没所谓，因为选择Mapping文件，在那一步还没什么意义。
可以看到这么一张状态，即，我们要的通路图片已经导入

导入我们创建的mapping文件

如果出现这种问题，那么应该是Excel编辑的过程中，创建了那一行，但是又清空了，可能格式还存在，所以会报错

或者清空这一行，或者我们还是重新用excel打开Mapping文件，然后文件另存为制表符分隔

随后直接双击打开这个文本文件

Ctrl+s 保存文本文件，随后重启mapman导入

此时正常导入，可以查看对应的一些Mapping信息，如官网的情况一样

开始描图 — 即基本最终步骤

在每个基因对应的位置鼠标右键，选择Add

同样的操作，在ZAT10上面一样

我们也可以标记一个大的BIN上去

一个通路完成了（记得最后关闭Mapman的时候要选择 保存，这样以后只要打开Mapman就可以使用这个我们自己整的Pathway）

使用自己的Pathway

使用自己构建的Pathway，就跟使用官方给的Pathway是一模一样的，选择实验数据，选择Mapping文件即可

于是，每个人都可以在自己的通路上快速简单的查看表达数据，当然，同时还可以输出基本能用来放到论文里面的图片，主要是确实比较快，而且方便，如果你要持续地在这个物种这个通路上做研究

OK，就到这里

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再声明

1. 本推文出发点就是......个人觉得有趣

2. 本推文已**尽可能地**保证**零基础**的朋友能在windows下完全重现，但不保证每个人都能重现。毕竟我没有义务。所以最好不要针对本文的步骤向我提问（星球的朋友除外），近期赶课题，木有时间。

（另，个人时间和精力有限，大群可以学习交流，但我不一定会回复（也没有义务），直接私信我讨论交流的朋友，请先微信转账或附图**支付宝转账**-）。

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