(10)仿写fastqc-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

相关推荐

• 转录组学习三（数据质控）

  对原始测序fq文件数据进行质量控制 任务 了解fastq测序数据 需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量! 作业,理解测 ...

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(6)三个最基础生信软件教程

  其实我现在已经不写软件教程了! fastqc对原始测序reads质控 NCBI的blast++软件使用说明书 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式 目录 一:下载安装该软件 ...

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(5)seq-answer和bio-star论坛爬虫

  生信常用论坛seq-answer里面所有帖子爬取 生信常用论坛bio-star里面所有帖子爬取 这个是爬虫专题第一集,主要讲如何分析bio-star这个网站并爬去所有的帖子列表,及标签列表等等,前提是 ...

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(4)NCBI数据库的几个探索

  目录如下: 生信人必学ftp站点之NCBI-GEO 脚本作业-解读NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息 NCBI的taxid简单介绍 NCBI的基因entrez ID相关文件介绍 请直接看我博客吧 ...

• (16)芯片探针与基因的对应关系-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

  这个我非常喜欢,目录如下: 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-NCBI下载对应关系 gene的各种ID转换终结者-biocond ...

• (14)不同基因坐标转换-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

  主流有3个,我只介绍了两个: 用crossmap代替liftover做基因组坐标转换 liftover基因组版本直接的coordinate转换 其实国际三大主流生物信息学数据库运营单位都出了自己的基因 ...

• (13)Hg19基因组的一些分析-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

  搞生信研究的,大部分数据都是针对于人类的,那么人类的参考基因组就不得不知了! 与hg19的突变相关的一些数据解释. Hg19基因组的分析 R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UC ...

• (12)一些QC软件教程-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

  包括下面几个软件的用法,是我刚入门写的了,感兴趣的去我博客搜索看看,意义不大,我就复制粘贴那些内容了,我讲一点别的: solexaQA 对测序数据进行简单过滤 RSeQC对 RNA-seq数据质控 N ...

• (9)最开始入门的测试数据-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

  目录如下:研读橡胶的基因组文章-结果没有原始测序数据草莓基因组文章解读-并下载原始测序数据阅读文献下载原始reads之pacbio全基因组数据自学无参RNAseq数据分析第一讲之参考文献解读自学CHI ...

• (20)一个WES实战-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

  WES就是通常我们说的全外显子测序,已经逐步应用到医疗领域了!本次例子的测试数据就是一个自闭症家系的全外显子测序数据结果,我本来雄心勃勃的想帮助他解决病因的问题,后来发现我还是太嫩了,只是会一点数据分 ...

• (19)一个affymetrix表达芯片实战-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

  这个实例上部分包括: 如何用R包下载GEO数据(只限单一平台,其余平台需要修改下面的代码) 如何对GEO的芯片数据归一化并且得到表达量矩阵, 如何用limma包做差异分析, 对找到的差异基因如何做GO ...