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房地产开发企业由于土地增值税清算，导致多缴纳企业所得税的退税按以下规定处理(1) 土地增值税清算后有后续开发项目的企业所得税处理企业按规定对开发项目进行土地增值税清算后，当年企业所得税汇算清缴出现亏损且有其他后续开发项目的，该亏损应按照税法规定向以后年度结转，用以后年度所得弥补。(2) 土地增值税清算后无后续开发项目的企业所得税处理企业按规定对开发项目进行土地增值税清算后，当年企业所得税汇算清缴出现亏损，且没有后续开发项目的，可以按照以下方法，计算出该项目由于土地增值税原因导致的项目开发各年度多缴企业所得税税款，并申请退税：① 该项目缴纳的土地增值税总额，应按照该项目开发各年度实现的项目销售收入占整个项目销售收入总额的比例，在项目开发各年度进行分摊，具体按以下公式计算：各年度应分摊的土地增值税=土地增值税总额×（项目年度销售收入÷整个项目销售收入总额） 公式中的销售收入包括视同销售房地产的收入，但不包括企业销售的增值额未超过扣除项目金额20%的普通标准住宅的销售收入。② 该项目开发各年度应分摊的土地增值税减去该年度已经在企业所得税税前扣除的土地增值税后，余额属于当年应补充扣除的土地增值税；企业应调整当年度的应纳税所得额，并按规定计算当年度应退的企业所得税税款；当年度已缴纳的企业所得税税款不足退税的，应作为亏损向以后年度结转，并调整以后年度的应纳税所得额。③ 按照上述方法进行土地增值税分摊调整后，导致相应年度应纳税所得额出现正数的，应按规定计算缴纳企业所得税。④ 企业按上述方法计算的累计退税额，不得超过其在该项目开发各年度累计实际缴纳的企业所得税；超过部分作为项目清算年度产生的亏损，向以后年度结转。(3) 2016年12月29日施行前土地增值税进行清算且没有后续开发项目的企业所得税处理企业凡已经对土地增值税进行清算且没有后续开发项目的，仍存在尚未弥补的因土地增值税清算导致的亏损，按照本公告第（2）条规定的方法计算多缴企业所得税税款，并申请退税。(4) 企业在申请退税时，应向主管税务机关提供书面材料企业在申请退税时，应向主管税务机关提供书面材料说明应退企业所得税款的计算过程，包括该项目缴纳的土地增值税总额、项目销售收入总额、项目年度销售收入额、各年度应分摊的 土地增值税和已经税前扣除的土地增值税、各年度的适用税率，以及是否存在后续开发项目等情况。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算涉及企业所得税退税有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第81号）某房地产开发企业2014年1月开始开发某房地产项目，2016年10月项目全部竣工并销售完毕，12月进行土地增值税清算，整个项目共缴纳土地增值税1100万元，其中2014年—2016年预缴土地增值税分别为240万元、300万元、60万元；2016年清算后补缴土地增值税500万元。2014年—2016年实现的项目销售收入总计30000万元，各年度分别为12000万元、15000、3000万元，缴纳的企业所得税分别为45万元、310万元、0万元。该企业2016年度汇算清缴出现亏损，应纳税所得额为-400万元。企业没有后续开发项目，拟申请退税。2014年：1100*（12000/30000）=440万元2015年：1100*（15000/30000）=550万元2016年：1100*（3000/30000）=110万元2014年仅交纳企业所得税45万元，小于50万元，只能申请退税45万元。剩余的5万元所得税对应的所得额20万元作为亏损向以后年度结转。2015年缴纳企业所得税310万元，大于67.5万元，67.5万元可全额申请退税。调整后，2016年度应纳税所得额为：-400+450=50万元
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来源：河南德信联合会计师事务所
