单细胞去除聚类的离群点 / 开普饭

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO, SEER数据挖掘. 肿瘤异质性指的是不同肿瘤细胞可以表现出不同的遗传和表型特征,包 ...

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,很幸运聚集了五个小伙伴携手共进,我们承诺不间断更新5个月,把我们这两年的学习成果全部掏出来给大家,包括5个栏目: 文献速递(简短介绍,扩充知识面) 文献 ...

作为生物信息学教学队伍的财务一名,我旁观了大量代码实战技巧,也勉强是学会了一下R语言,恰好看到朋友圈单细胞比较火爆,而且群主的CNS图表复现超级容易理解,我也跟着学习了一下,目录如下: CNS图表复现 ...

一般来说,公共数据集都会给出表达量矩阵和具体不同细胞亚群特异性基因,比如 GSE122083 数据集背后的文献,就给出来了这些分群: NK (NKG7 and GNLY), NKT (CD3D and ...

我们非常强调进入一个领域需要读综述来获取基本认知,尤其是单细胞,我们在<单细胞天地>公众号给大家精选了2017-2020的4篇综述: 2017年7月的 Identifying cell p ...

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03 ...

回顾我们的CNS图表复现之旅已经开始,前面3讲是: CNS图表复现01-读入csv文件的表达矩阵构建Seurat对象 CNS图表复现02-Seurat标准流程之聚类分群 CNS图表复现03-单细胞区 ...

昨天在<生信技能树>公众号的一个教程:这也能画?,我提到了一个很无聊的R包,名字是:scRNAstat ,它可以4行代码进行单细胞转录组的降维聚类分群,其实完全没有技术含量, 就是把 Se ...

编译:怀瑾,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读特发性肺纤维化(IPF)是一种进行性肺部疾病,其特征是远端肺部不可逆转地形成疤痕组织,导致呼吸衰竭和死亡.本研究利用scRNA-se ...

编译:罗睺,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读肿瘤浸润性髓样细胞(TIMs)由单核细胞.巨噬细胞.树突状细胞和中性粒细胞组成,已成为肿瘤生长的关键调控因子.这些细胞可以分化成一系列 ...

单细胞去除聚类的离群点