TCGA+biomarker

相关推荐

• 互助问答第506期：关于SPSS影响因素分析的问题

  关于SPSS影响因素分析问题的问题 老师好!我研究的是影响因素,自变量有连续数值型.二分类以及无序多分类变量,因变量是四个连续数值型变量,想要探究这些自变量对因变量有无影响以及具体影响程度应该用什么方 ...

• R语言生存分析-Cox比例风险模型诊断

  欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘.    Cox比例风险模型诊断   Cox比例风险模型的建立是基于几个假设之 ...

• 互助问答第485期：关于定序变量的问题

  关于定序变量的问题 请问老师定序变量当自变量可以当数值变量放到回归模型中吗,1到4的定序,比如公平1-4越大越公平,在自变量里可以直接当数值放还是必须需要让非常不公平的那个做参照组. 可以直接放,很多 ...

• 临床预测模型---研究思路（一）

  在临床工作中,我们时常会接受患者的"灵魂拷问",比如 "得了这个病以后会怎样?","我这个病有多大可能可以治好?"等等.相信此时许多小伙伴的 ...

• TCGA

  甲基化芯片 450k甲基化芯片可以检测人全基因组近450000个甲基化位点,具有单碱基的分辨率.全面的覆盖了96%的CpG岛,并根据需求加入了CpG岛以外的CpG位点信息,人类干细胞非CpG甲基化位点 ...

• TCGA临床信息中英文对照

  物业名称Property name描述Description种类kind资源类型.The resource type.等份[]aliquots[]从该参与者处提取的等分条形码的列表.List of b ...

• 基于TCGA数据库肿瘤免疫细胞浸润分析流程

  分析基本思路: 1.首先我们应该要知道什么是肿瘤的免疫细胞浸润模式,通过一些什么样的原理,可以用什么样的软件进行分析. 肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织,开始发挥它的作用,可以从肿瘤组 ...

• 癌症类型和样本代号详解TCGA

  这是实战TCGA数据库的又一个知识点,如果你已经对TCGA有浅显的认识,那么我们应该根据研究方向找到自己的癌症类型,TCGA有一台完整的癌症分型,慢慢这个分型也成为了主流,你别不服气,如果我们有这样的 ...

• 整理从TCGA下载的数据

  如果从TCGA官网网页下载数据,或者使用gdc-client工具下载的数据,都是以单个的文件夹形式存储,并且文件夹中的为压缩文件,所以,下载数据后,第一步就是如何把这些文件复制在同一个文件夹中,以利于 ...

• 生信分析零基础——从GEO到TCGA，让你从「门外汉」到「老司机」

  什么是生信?提起生信,相信大家又爱又恨,得不到的永远在骚动.爱是不用做实验就能发原创研究,好棒啊.恨是看不懂那一大串代码,不会操作. 目前,不做实验发文章的主要有两大类:Meta分析,生信.其中生信文 ...

• TCGA可变剪切预测数据库

  可变剪切(Alternative splicing,AS)是基因转录时,通过组合不同的外显子,形成不同转录本的过程,在生命的信息传递过程中发挥着重要的作用,维持蛋白质多样性的主要机制.在不同组织或者发 ...

• TCGA / 癌症简称 / 缩写 / TCGA癌症中英文对照

  TCGA数据库中含有的癌症名称,简写和中文名称 Cohort 英文名称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urothelial ...

• TCGA免疫浸润评价数据库

  免疫浸润评估大致过程 对于RNA-seq的数据,之前我们的分析方法只是局限于单个基因之间的整合分析,最多也就是做一下富集这样的聚类分析.前段时间随着肿瘤免疫的热度,也有人试着开始利用RNA-seq这样 ...