单细胞转录组上游分析之shell回顾 / 开普饭

写在前面 Kallisto 是一款 "Alignmnet-Free" 的转录组表达量估计的工具.其提出了一种 "pseudoalignment " 的概念,实则 ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

任务学习了解各个reads计数,及标准化的原理,如RPKM/FPKM/TPM的统计学原理: 了解reads计数的各个软件,用入门的htseq-count软件对每个样本内生成关于表达量的文件: 用脚本 ...

编译:小北,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读目的:链脲佐菌素(STZ)模型广泛应用于糖尿病研究.然而对这个模型中胰腺内分泌细胞和分子状态尚不清楚.本研究对胰岛细胞经STZ处理后的 ...

单细胞转录组的流行趋势让我们惊讶,不少有钱的课题组甚至宣传以后只上单细胞转录组,传统的bulk测序干脆不做了,可是花了几百万经费拿到一堆表达矩阵,然后呢? 诚然,单细胞转录组的确是CNS一大波,仅仅是 ...

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下他自己领域的一个文章的转录组测序数据.因为那个文章并没有提供表达量矩阵,不过万幸的是人家上传了原始测序数据. 因为他的课题是 ...

如果你看了我的单细胞转录组数据分析的基础10讲: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03. 过滤不合格细胞和基因(数据质控很重要) 04. 过滤线粒体核糖体基因 05. 去 ...

生信实操随着测序技术的进步开发了一种单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术,单细胞转录组测序技术可以一次检测成千上万个细胞的转录水平,在单细胞水平上检测和定量基因表达水平变化,从而揭示bulk ...

希望所有学员都可以站在生信技能树的舞台上发光发热! 下面是2020生信入门班学员的随机投稿因为平时做单细胞比较多..突然想试试自己还会不会常规转录组的上游分析..记忆一下各个软件的使用流程也是不错的 ...

如果你想亲手分析自己的数据,生信技能树联合单细胞天地也推出了:7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 足足7个小时,34集,涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系,希望能够帮助到你的课 ...

编译:刘娟,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本文采用单细胞RNA-seq,分析非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者肿瘤组织样本, ...

编译:刘娟,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读由于技术的限制,移植后的造血干细胞(HSCs)在预条件性宿主体内定位后的行为尚未被研究.本文利用单细胞RNA测序,首先获得28种造血细 ...

单细胞转录组上游分析之shell回顾