家系分析软件汇总 / 开普饭

在千人基因组计划的ftp服务器下载所有个体的突变信息文件如下: ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502 其中MT(线粒体), ...

最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录,这里先放出直播我的基因组(第一阶段)完整目录.(悄悄告诉你,后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格!)(然后,点击阅读原文也可以拿到可 ...

大家好,又是一周不见. 这次见面,已然是一个悲伤而又狂欢的日子,这个双十一,小编从一只单身汪已经变成了断手单身汪,累觉不爱.但是,扶朕起来,朕还能学. Jimmy的测序数据终于出来了,虽然还没寄到Ji ...

在这之前我们已经对VCF格式记录的变异文件有了初步了解,那么接下来我们就实战一下,凭自己的理解来对VCF文件中的内容做一个简单的统计. 我们提到过VCF文件的第八列是比较复杂的,但是它具体信息在VCF ...

生物空间站 17篇原创内容公众号名词解释和基本问题:关联分析:就是AS的中文,全称是GWAS.应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态:SNP为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过 ...

前面我们讲解了VCF文件的基础信息,其中第8列的信息可以无限丰富,但是通常我们的call variation的软件默认只给出有限的信息,有的甚至都不会告诉你该变异的基本分类,我们就需要自己做了,就是把 ...

根据前面的讲解我们也对NGS数据分析基本的数据格式和数据流有了一个基本的理解了,不管是fasta.fastq.sam.bam.vcf.gtf 以及 biom 等格式都是具有相对标准的数据组织形式的,含 ...

vcf文件标记dbSNP的rsID号的这个问题非常多的人问过,大部分的variation calling软件给出的vcf文件里面第3列都是一个纯粹的dot占位符,如下: 但是,我们往往想知道,这个染色 ...

ANNOVAR软件用法看我以前的博客: 1.Annovar使用记录 (http://www.bio-info-trainee.com/641.html) 2.用annovar对snp进行注释 (htt ...

下载IGV和导入文件的方法我就不多说了,可以直接在windows平台下使用,就跟你操作QQ一样,自己摸索就好了! 著名芬兰运动员Eero Mäntyranta,他拿过七枚奥运奖牌.他的血红细胞远超正常 ...

全基因组分析后的vcf突变文件记录了四百多万个位点,前面我们讲到了如何把它们注释到dbSNP数据库ID,一般来说有注释的位点也就顺便注释到了基因,所以可以简单写一个程序来看看哪些基因的突变位点最多: ...

问:有许多朋友后台留言问我,为什么找变异的步骤不用GATK的best practice呢?而是选取bcftools,freebayes这种小众软件. 答:我这里统一回复一下,不同软件找到的variat ...

对于二代测序的数据的处理的问题,虽然我们还是建议专业的事情.但是至少还是要了解一下基本的原理和测序当中产生的各种文件格式.由于是测序数据,其基本的原理还是基于核酸序列来进行操作的.在结果文件当中就包括 ...

您还在为妻子的埋怨眼神疲倦吗?您还在为家人的催促苦恼吗?你还在糊里糊涂晕了吧唧不知所以然嘛?咳咳,今天就为大家普及一个男性福音的羞羞哒技能! 咳咳,男科疾病怎能困住我的生信男...... ...

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