SWATH 定量蛋白质组学​技术、流程及步骤

SWATH（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ions）是瑞士苏黎世联邦理工学院的 Ruedi Aebersold 博士及其团队与 AB-SCIEX 于 2012 年联合推出的一项全新的质谱采集模式技术。SWATH技术具有灵敏度高，重现性强，准确度高，高通量，线性动态范围大等优点。传统的质谱数据采集方式为数据依赖型（Data-dependent acquisition，DDA）采集方式也叫做 Shot-gun 法，在一级质谱扫描中，根据母离子的强度高低来选择母离子进行串联质谱的扫描，得到二级谱图在蛋白数据库进行搜索。这种扫描方式会丢失大量有用的谱图，同时重复性较差。

SWATH 采集模式是一种新型的 MS/MS 扫描技术，属于数据非依赖型采集方式（Data-independent acquisition，DIA）。DIA按照设定的方法，将所有的母离子都进行串联质谱扫描。SWATH 根据酶解肽段的质荷比和洗脱时间来设计采集二级谱图的离子窗口。以扫描范围 400～1200 为例，m/z 25 作为一个扫描间隔（SWATH），每个 SWATH 扫描时间设定为100ms，那么该扫描范围累计需要 32个扫描窗口，完成一次扫描仅需要 3.2秒。

SWATH流程图如图所示，分为以下几个步骤：

1）蛋白质的提取，酶解和纯化。

2）酶解后的肽段进行 shotgun检测，用 proteinpilot进行数据库检索，得到蛋白定性

3）根据 shotgun 的检测结果，确定 SWATH 的扫描间隔等质谱参数，进行样本的 SWATH检测，每个样本重复检测3次。

4） 用shotgun 的检索结果建立离子谱图库，SWATH样本检测到的谱图信息使用Peakview在离子库中进行蛋白的匹配和定量信息的提取。

5）将Peakview导出的蛋白结果导入到 Makerview进行数据处理，得到蛋白定量结果。