使用FACETS对ngs数据找CNV / 开普饭

文|陈根许多基因可以在多种生物学过程或分子功能中发挥作用.在全基因组水平上鉴定多功能基因并研究其特性可以揭示支持细胞功能的分子事件的复杂性,从而使人们更好地了解细胞的功能格局. 全基因组测序是对生物 ...

Freenome是美国费城一家新兴液体活检诊断生物技术公司,通过对血液(自由细胞)中遗传物质流的动态收集,来诊断是否患有癌症.与传统癌症检测相比,切片诊断等繁复耗时的检测手段,同时还能作为癌症的检测系 ...

动脉网近日获悉,予果生物科技(北京)有限公司(以下简称"予果生物")于2019年8月获得北极光创投首轮独家投资,之后产业基金.金融机构对其持续注资,累计融资近亿元.本轮融资将用于深 ...

PDF R Script 读其文档的时候发现,是可以针对单个样本进行拷贝数变异分析的,代码如下: library(seqCNA) data(seqsumm_HCC1143) head(seqsumm_ ...

cnvkit被设计来处理同一个批次的多个肿瘤配对样本测序情况,首先对所有的normal数据进行bin处理拿到背景值,然后就这个背景值来处理所有的tumor测序数据计算拷贝数变异情况. 该软件使用比较复 ...

以前生信技能树发过这个教程: RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程第一次对参考基因组建索引然后进行第一次序列比对之后根据第一次比对得到的所有剪切位点,重新对参考基因组建立索引再进 ...

看了这么多找融合基因的工具,目前只有这个最方便及靠谱,不仅仅是因为它发表于2017年,更重要的是他可以直接基于STAR比对好的bam文件来做分析,而大多数其它软件,需要从fastq文件开始,都不方便. ...

首先提醒一下,该工具需要下载 108 G 的数据库文件才能运行,而且仅仅是针对hg19这一个参考基因组.但是因为其发表的非常早,即使不好用,也仍然是目前最主流的转录组数据找融合基因工具之一. 该工具发 ...

肿瘤数据分析文献大放送这里我就推荐一些: 文献1.基于大规模临床队列的CNV图谱评估外显子测序和外显子CGH芯片的CNV 文章于2014年发表于Genetics in Medicine,标题是Ass ...

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下某肿瘤队列文献的数据,需要下载几个T的fq数据走比对流程,然后找SNV和CNV等变异. 因为他的课题是保密的,我这里不方便提 ...

软件项目地址: https://github.com/broadinstitute/inferCNV.git 我在 https://mp.weixin.qq.com/s/Qns9TCSgNg_CQuw ...

前面我们提到过broad开发了工具来对单细胞转录组数据计算CNV及绘制热图,因为这个方法学本来就是他们建立起来的. 单细胞转录组数据分析CNV 使用broad出品的inferCNV来对单细胞转录组数据 ...

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