仅提供bam文件的RNA-seq项目重新分析

相关推荐

• 生信神器之一站式表达谱数据分析

  表达谱数据分析的时候,经常包括各种各样的分析.比如差异表达分析,富集分析,GSEA,蛋白相互作用分析等等等等.NetwordAnalyst(https://www.networkanalyst.ca/ ...

• 10x单细胞数据分析之整理参考基因组

  与常规的RNA-Seq一样,10x单细胞RNA-Seq/ST-Seq也需要测序数据比对到参考基因组进行基因的定量.那么参考基因组的质量就对单细胞的分析结果有着重大的影响. 接下来小编就给大家介绍一下1 ...

• 非正常数据读取——之仅有bam文件

  我所理解的cellranger软件理想原始输入数据就是SRA格式,然后利用sra-tools分为read.barcode+UMI.index三个fastq.gz文件.最后直接利用cellranger即 ...

• 一、仅列出目标文件夹中所有文件。（不包括 子文件夹、不包括子文件夹中的文件）

  Sub ListFilesTest()With Application.FileDialog(msoFileDialogFolderPicker)If .Show Then myPath$ = .Se ...

• 二、仅列出目标文件夹中所有子文件夹名。（不包括目标文件夹中文件、不包括子文件夹中的文件或子文件夹）

  Sub ListFilesTest() With Application.FileDialog(msoFileDialogFolderPicker) If .Show Then myPath$ = . ...

• 【直播】我的基因组（十四）:bam文件给按照染色体给分割成小文件

  昨天,我们了解了一下SAM格式的比对结果,不知道大家理解的怎么样.但是全基因组测序数据实在是太大了,即使比对后把sam文件压缩成二进制的bam文件也还有55G(如何压缩转换可查看直播十二),如果完整的 ...

• 【直播】我的基因组 34：Qualimap对比对好的bam文件进行统计及可视化

  上一讲我们说道Qualimap这个软件,那我们现在仔细了解下这个软件吧! 比如下面这个覆盖度与测序深度的图来说: 如果我们自己要对55G的bam文件进行统计,可以sort好之后用samtools的mp ...

• 【直播】我的基因组 40：不同lane的bam文件的比较

  首先要把bam文件根据lane的标记来拆开,前面我们提到了把bam文件根据染色体来拆开的软件是bamtools,它还可以指定 -tag RG 来把这个bam文件按照原来的测序上样品的lane给分离开( ...

• 根据比对后的bam文件来计算外显子的RPKM

  bam2rpkm by bedtools 比对好的bam文件一般需要根据gtf文件来根据 genomic features 进行计数,但是htseq-counts或者featureCounts这样的软 ...

• 如何从bam文件提取unique mapping reads呢？

  Q1: 如何从比对结果bam文件里面提前unique mapping的reads呢? Q2: 什么样的比对软件或者参数可以控制只输出unique mapping情况呢? 这类问题我已经被问烦了,不得不 ...

• 把bam文件读入R，并且转为grange对象

  假如你的Windows电脑有个bam文件,不想传输到linux服务器去使用samtools等命令行工具来探索它,就可以使用R语言! 有成熟的R包可以把bam文件读入R,比如Rsamtools,很简单的 ...