如何从bam文件提取unique mapping reads呢？ / 开普饭

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

zImage文件提取及逆向分析少仲_ 2015-04-18 16:52:50 6944 收藏分类专栏: Android安全-研究版权 //weibo: @少仲技术背景: Android手机 ...

昨天,我们了解了一下SAM格式的比对结果,不知道大家理解的怎么样.但是全基因组测序数据实在是太大了,即使比对后把sam文件压缩成二进制的bam文件也还有55G(如何压缩转换可查看直播十二),如果完整的 ...

上一讲我们说道Qualimap这个软件,那我们现在仔细了解下这个软件吧! 比如下面这个覆盖度与测序深度的图来说: 如果我们自己要对55G的bam文件进行统计,可以sort好之后用samtools的mp ...

公司给了raw data, clean data,还有alignment的bam文件.在这之前我的博客提到,虽然公司给了比对好的bam文件,但我还是想要自己再比对一下,这就需要把fastq文件上传到服 ...

首先要把bam文件根据lane的标记来拆开,前面我们提到了把bam文件根据染色体来拆开的软件是bamtools,它还可以指定 -tag RG 来把这个bam文件按照原来的测序上样品的lane给分离开( ...

bam2rpkm by bedtools 比对好的bam文件一般需要根据gtf文件来根据 genomic features 进行计数,但是htseq-counts或者featureCounts这样的软 ...

假如你的Windows电脑有个bam文件,不想传输到linux服务器去使用samtools等命令行工具来探索它,就可以使用R语言! 有成熟的R包可以把bam文件读入R,比如Rsamtools,很简单的 ...

本来以为有bai文件就说明是流程运行是完整的,事实上我还是太年轻,最近处理一个 600个病人的肿瘤WES数据,走流程过程发现卡在CNVKIT,部分样本出现了: File "pysam/l ...

如何从bam文件提取unique mapping reads呢？