【直播】我的基因组 44:比对文件画profile和heatmap图 / 开普饭

原文链接:http://tecdat.cn/?p=23891 可以使用环状图形展示基因数据比较.可以添加多种图展信息,如热图.散点图等. 本文目标: 可视化基因组数据制作环形热图环形热图很漂亮.可 ...

使用 XENA下载的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图. 一基因词云有小伙伴在https://mp.weixin.qq.com/s/DvX_pKPF9b ...

ComplexHeatmap可以绘制很复杂的热图,能满足日常以及文章所需,本次先简单的介绍单个热图绘制的内容. 单个热图由热图主体和热图组件组成.其中主体可分为行和列:组件可以是标题.树状图.矩阵名称 ...

vcf文件标记dbSNP的rsID号的这个问题非常多的人问过,大部分的variation calling软件给出的vcf文件里面第3列都是一个纯粹的dot占位符,如下: 但是,我们往往想知道,这个染色 ...

前面我们说到了那些简单的由单个基因决定的性状,这东西不需要预测,其中的生物学机制已经研究的非常透彻,只要拿到你的基因信息,很容易推断你的性状,比如人的乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶等多种乙醇代谢基因,你本身是 ...

最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录,这里先放出直播我的基因组(第一阶段)完整目录.(悄悄告诉你,后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格!)(然后,点击阅读原文也可以拿到可 ...

陈思思 - 美人吟.mp34:00 来自陈主君大家好,今天小编想跟你分享一组油画美照!它把世界各地的美女.习俗都展现在画中,非常的赏心悦目,一起来看看~

16K高清贴图,应对常规影视镜头没什么压力,此类素材和贴图也是我们工作中比较常用到的类型.

昨天,我们了解了一下SAM格式的比对结果,不知道大家理解的怎么样.但是全基因组测序数据实在是太大了,即使比对后把sam文件压缩成二进制的bam文件也还有55G(如何压缩转换可查看直播十二),如果完整的 ...

GATK教程我以前写过(GATK使用注意事项:http://www.bio-info-trainee.com/838.html) 这个步骤分成2个小步骤: 首先用RealignerTargetCrea ...

在此之前,我们分别在十七,十八讲中讲到了multiple mapping,PCR duplication的情况,在分析我的基因组时呢,肯定要去除掉multiple mapping.PCR duplic ...

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