使用camera进行基因集分析 / 开普饭

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

本文为群中小伙伴进行的一次差异分析探索的记录. 前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析 ...

前面我们做了TCGA的差异分析,并且用ggplot2验证了差异分析的准确性,TCGA差异分析及ggplot作图验证,而差异分析后一般会又热图和火山图,热图我们之前也有说过热图系列1,R语言学习系列之& ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 在数据分析过程中,尤其是在做基因筛选时,常会应用到批量筛选,这也是应用R语 ...

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID.超几何富集分析等.都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation ...

载入数据 1Sys.setlocale('LC_ALL','C') 2load(file = "F:/Bioinfor_project/Breast/AS_research/AS/resul ...

一般来说,大家拿到了感兴趣的基因集后,通常是做超几何分布检验看看富集到了什么生物学功能数据库,比如KEGG或者GO数据库,或者走gsea/gsva这样的富集分析,也是注释生物学功能数据库.大家读我的表 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树. 生信技能树核心成员,单细胞天地特约撰稿人,简书创作者,单细胞数据科学家. SPATA - SPAtial Tran ...

前面我们针对TCGA数据库全部的癌症的表达量矩阵批量运行 estimate,而且得到了estimate的两个打分值,可以发现可以看到不同癌症内部的estimate的两个打分值是有异质性的. 其实这个e ...

本篇文章价值超200元,为什么这么说呢,我在网上查询GSVA资料的时候看到一个课程,标价是200,23人学过.作为一个在线课程,录制完以后就可以持续的收益,不说远了,5年后还是会有人买这个课程,所以说 ...

在单基因生信目前的发文趋势中,单基因单肿瘤纯生信以及单基因单肿瘤生信+实验验证是目前见刊比较多的,详见我们对今年4月见刊单基因生信的统计 2021年4月份单基因生信文章汇总! 而我们目前重点研究的单基 ...

大家好,今天要和大家分享的是2021年4月发表的一篇文章:"Pan-Cancer Analysis Reveals Distinct Metabolic Reprogramming in D ...

大家好,今天要和大家分享的是2021年1月发表的一篇文章:"Pan-canceranalyses reveal regulation and clinical outcome associa ...

大家好,今天要和大家分享的是2021年4月发表的一篇文章:"Comprehensive analyses of m6A regulators and interactive coding a ...

使用camera进行基因集分析