一种在生态学领域玩转门特尔检验的技法 / 开普饭

作者:尘沙杰少.樱落.新峰.DOTA.谢嘉嘉前言在之前的文章中,我们已经介绍过部分类别特征编码的内容,此处,我们将所有的内容进行整合为一个系列,我们不罗列过多的知识点,重点介绍在kaggle过往几 ...

结业考核20题:https://mp.weixin.qq.com/s/lpoHhZqi-_ASUaIfpnX96w 课程配套资料文档在:https://docs.qq.com/doc/DT2NwV0F ...

新媒体管家最近,我有一个小任务,需要把清单上提及的老师们公开发表过的文章做个记录. 我大致数了一下,大概有几十来号人,像这种工作,绝不可能让我一个一个上WOS或者Pubmed检索吧,多费劲. 考虑到 ...

前面我布置了一系列学徒作业,其中有一个虽然是单一作业,但是工作量相当于一个本科毕业设计:<GEO数据挖掘课程>配套练习题,关于这个课程学徒也写了一系列笔记:学徒写的<GEO数据挖掘课 ...

五月份的学徒专注于GEO数据库里面的表达量芯片数据处理,主要的难点是表达量矩阵获取和探针的基因名字转换,合理的分组后就是标准的差异分析,富集分析.主要是参考我八年前的笔记: 解读GEO数据存放规律及下 ...

最近我们最优秀的R语言讲师小洁也开启了TCGA知识库打卡之旅,分享一下她其中一个学习成果,TCGA(转录组)差异分析三大R包及其结果对比. 如果你跟着她的教程学会了相关分析,可以尝试完成一个学徒作业: ...

最近接了一个61个10x的单细胞转录组样品项目,使用以前的流程,自动进行质量控制,降维聚类分群,本来应该是分分钟的事情,但是在一个步骤居然卡死了,我看了的这个函数,doubletFinder_v3 , ...

前 · 言第二单元第九讲:生物学背景知识之细胞周期推断上一次说到通过PAM50基因进行乳腺癌分型,利用的就是自己的表达矩阵和PAM50基因比较,看表达量变化进行分类.细胞周期分类和PAM50类 ...

昨天的我可以为你做些什么好像阅读量不高,不过效果还是蛮显著的,跟部分粉丝聊了聊,希望对他们有帮助吧! 我们的生信故事会一直在征稿,详见:生信故事会栏目征稿启事下面分享一下最新投稿,讲述跨专业转行学习 ...

以第一个基因为例,根据group_list来检验在分组之间是否存在差异 load(file='step1-output.RData') dat[1:4,1:4] table(group_list) # ...

五月份的学徒专注于GEO数据库里面的表达量芯片数据处理,主要的难点是表达量矩阵获取和探针的基因名字转换,合理的分组后就是标准的差异分析,富集分析.主要是参考我八年前的笔记: 解读GEO数据存放规律及下 ...

前面的教程:混合到同一个10X样品里面的多个细胞系如何注释,我们提到了可以使用细胞系的表达量矩阵去跟细胞亚群表达量矩阵进行相关性计算. 就有粉丝提问,把单细胞亚群使用 AverageExpress ...

前言: 距离第一次听说生信已经十几年了,现在是邋遢大叔重新开始学代码,精力确实已不像从前,各位入坑还是要乘早.后来约莫在5年前,课题组当时有个RNA-Seq数据,lab meeting时听瑞典小哥在汇 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 找ROC相关的包 Sys.setlocale('LC_ALL','C') ...

数据集介绍 GEO链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE66270 芯片平台:GPL570, [HG-U133_Plus_ ...

一种在生态学领域玩转门特尔检验的技法