综合性富集分析数据库 / 开普饭

转录因子(Transcription Factor, TF)及其靶基因在人类疾病和生物学过程中起重要作用,转录因子敲降/敲除前后的基因表达谱分析是获得转录因子靶基因.探索转录因子功能的最重要策略之一. ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

今天继续我们TCGA在线数据库系列.今天介绍的数据库是LinkedOmic,http://www.linkedomics.org/login.php可谓是航母级数据库,没有做不到的,只有想不到的.话不 ...

今天继续我们TCGA在线数据库系列.今天介绍的数据库是LinkedOmic,http://www.linkedomics.org/login.php可谓是航母级数据库,没有做不到的,只有想不到的.话不 ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2618天非肿瘤多数据集联合分析在进行生信分析的时候,如果搜索到好几个GEO数据集,不知道大家有没有这些困惑: 多个GEO数据集,应该分别分析,还是合并以后再一起分析呢 ...

前两天我们对于tRFs的功能同时也推荐了几个关于tRFs的数据库.其中包括tRFs在TCGA当中研究的数据库以及tRFs靶基因预测数据库.这些数据库都是基于分析好的数据来的.但是如果我们有自己的数据, ...

基因组学分析在得到差异表达基因之后,最常做的还是富集分析.通过富集分析我们可以了解相关基因集主要在形式的功能是什么.目前用来做基因富集分析的工具很多.这次介绍的这个叫g:profiler(https: ...

在昨天的推送当中,我们介绍了现在的 CCLE 数据库的一些基本信息.同时也提到了一个用来分析 CCLE 的在线的数据库:DepMap Portal (https://depmap.org/portal ...

对于 miRNA 的数据库而言,之前我们介绍的 miRNA 的数据库主要还是集中在 miRNA 靶基因预测方面的. 1. [[miRactDB-肿瘤当中miRNA靶点预测数据库]] 2. [[miRN ...

相信很多人都知道用DAVID做GO富集分析总是被吐槽,数据更新实在是太慢了,太慢了,但是很多人又不想用R包和Cytoscape来做,因为很多时候安装包太麻烦了,还是觉得在线分析比较好.下面我们就推荐两 ...

说起RNA甲基化,在调控基因表达.编辑.稳定性及降解等方面扮演重要角色,相比于 DNA 甲基化,RNA甲基化显得更加复杂,普遍存在于各种生物中.主要包括m1A.m5C.m6A及m7G等.其中m6A甲基 ...

这部分开始进行基本的富集分析,两类 A:差异基因富集分析(不需要表达值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有无差异,需要全部genes表达值) ######## ...

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