TCGAbiolinks下载TCGA数据 / 开普饭

miRNA作为ncRNA的一类.其主要发挥功能的主要方式是通过和基因形成双向互补链进而来影响基因的表达.因此通过miRNA和基因序列是否互补就可以遇到miRNA可能的靶基因了.这个基本上就是经典的预测 ...

相对于基础实验来说,生信分析已经越来越融入科研工作者的生活中,作为基础实验的验证和辅助手段,帮许多老师省下了很多工作,许多老师已经很熟练的在使用了生信分析这个当下,此次分享,主要是针对还没有熟练生信分 ...

前言交代 1.学习参考之前参加了生信技能树花花老师的TCGA数据挖掘试讲课,收获很多,最近整理一下上课笔记,同时参考了老师的简书相关教程.生信入门的朋友也可微信加入生信星球公众号,个人觉得很好的一个 ...

现在TCGA数据下载的代码满天飞,例如以使用TCGAbiolinks下载为例: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRU ...

UALCAN:(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)是一个综合的.用户友好的.交互式的web资源,用于分析癌症组学数据.UALCAN的设计目的是: 提供对公开的 ...

看你们都无心看文献,那就给你们看看神奇工具吧 ,今天给你们讲的这个--就是--微型电视机-- 卖身契许冠杰 - 钜片名曲选呃,实际上就是一个miRNA的小工具, 其实还蛮有意思的-- 首先随便输入 ...

前段时间,我们对于批次效应有关的东西进行了一些介绍.其中包括 [[批次效应]] [[批次效应去除工具]] 对于经常使用的TCGA数据库而言,同样也有批次效应存在.对于这样的批次,在公布之前也经过一定的 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事. TCGAbiolinks数据下载TCGA数据下载TCGA数据的方法有很多,但比较好用的包我认为就是TCGAbiolinks,T ...

各位朋友,大家好,今天我们继续分享关于TCGA数据下载的专题,之前给大家推出了四个推文,全部是无代码进行数据下载,如果我们想进一步提升自己的水平,那我们从今天开始,开启R语言编程下载TCGA数据教程推 ...

TCGA是目前使用最多的肿瘤组学数据库,虽然群主已经录制TCGA系列视频教程: 悄咪咪的上线了TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) 里面也提到了各种下载工具,但是作为学徒的我,学习过后 ...

如果从TCGA官网网页下载数据,或者使用gdc-client工具下载的数据,都是以单个的文件夹形式存储,并且文件夹中的为压缩文件,所以,下载数据后,第一步就是如何把这些文件复制在同一个文件夹中,以利于 ...

之前对TCGA做了简单的了解,粗略了解了什么是TCGA,TCGA是做什么的等,接下来肯定是要学会如何下载TCGA数据,毕竟只有下载了数据才能继续学习官网常规下载 TCGA自2016年改版后,下载方式 ...

不知道为什么总是有人问我TCGA数据下载这么简单的问题,这问题简单到如何下载人类的hg19.fa这个参考基因组一下,就是http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpat ...

长期更新列表: 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的必须神器 IGV 资料大全,含视频生信技巧第5课-生信人必须安装的软件好神奇啊,两 ...

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