TCGA学习01：数据下载与整理 / 开普饭

太多人有这样的疑问,为什么自己进行ID转换的时候,成功率很低,今天就为你解惑. 当我们遇到了这样一个表达矩阵(其实就是从tcga数据库下载,通过ucsc的xena浏览器啦): dim(exprSet) ...

前段时间,我们对于批次效应有关的东西进行了一些介绍.其中包括 [[批次效应]] [[批次效应去除工具]] 对于经常使用的TCGA数据库而言,同样也有批次效应存在.对于这样的批次,在公布之前也经过一定的 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事. TCGAbiolinks数据下载TCGA数据下载TCGA数据的方法有很多,但比较好用的包我认为就是TCGAbiolinks,T ...

本笔记来源于福建医科大学研究生前些日子,老师给了我一份大纲并让我重启一下机器学习的系列,但是我看完之后发现,可能是由于老师在写大纲的时间比较早,并且也长时间没更新,导致内容略微有些过时,于是我打算用 ...

现在TCGA数据下载的代码满天飞,例如以使用TCGAbiolinks下载为例: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRU ...

数据集介绍 GEO链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE66270 芯片平台:GPL570, [HG-U133_Plus_ ...

以下是正文 1.R与Rstudio 主要是学习到了会创建project啊,之前不会如此高效整理自己的项目....都是直接复制粘贴代码进去,所以各种报错,唉. 然后自从开了别人的一个文件project之 ...

然后很多粉丝留言说,如果并不是按照表达量中位值或者平均值分组,而是取巧使用了surv_cutpoint这样的函数,得到的结果并不好解释,认为这样的的数据处理方式简直是黑白颠倒! 我看到了这样的留言,确 ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

之前对TCGA做了简单的了解,粗略了解了什么是TCGA,TCGA是做什么的等,接下来肯定是要学会如何下载TCGA数据,毕竟只有下载了数据才能继续学习官网常规下载 TCGA自2016年改版后,下载方式 ...

不知道为什么总是有人问我TCGA数据下载这么简单的问题,这问题简单到如何下载人类的hg19.fa这个参考基因组一下,就是http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpat ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

TCGA是目前使用最多的肿瘤组学数据库,虽然群主已经录制TCGA系列视频教程: 悄咪咪的上线了TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) 里面也提到了各种下载工具,但是作为学徒的我,学习过后 ...

各位科研芝士的朋友,大家好,今天我们继续分享关于TCGA数据下载的专题,之前给大家推出了四个推文,全部是无代码进行数据下载,如果我们想进一步提升自己的水平,那我们从今天开始,开启R语言编程下载TCGA ...

咱公众号也不能只做一个系列,所以经过深思熟虑,打算将来慢慢增加一些内容,主要有以下几个系列 TCGA数据分析系列 GEO数据分析系列 "老板给一个基因,我该怎么办"系列文献阅读系 ...

TCGA学习01：数据下载与整理