TCGA数据下载与ID转换 / 开普饭

太多人有这样的疑问,为什么自己进行ID转换的时候,成功率很低,今天就为你解惑. 当我们遇到了这样一个表达矩阵(其实就是从tcga数据库下载,通过ucsc的xena浏览器啦): dim(exprSet) ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事. TCGAbiolinks数据下载TCGA数据下载TCGA数据的方法有很多,但比较好用的包我认为就是TCGAbiolinks,T ...

曾经有人问:一份TCGA数据可以几篇SCI?答案:N篇. 你要是不信的话可以看看证明给你看.例如一份mRNA 数据和临床数据可以做常规的差异分析,功能分析,生存分析,构建模型等等. 按照上面这个常规套 ...

很多时候我们得到的转录组格式为Count,例如在TCGA数据库下载的数据,如果我们想使用FPKM格式或者TPM,那么就需要转换,不过TCGA数据库也提供了FPKM的格式,貌似miRNA数据只有Coun ...

GFF(gff)全称为:general feature format GTF(gtf)全称为:gene transfer format 前者用来注释基因组,后者用来注释基因. 异同点: GTF文件和G ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

谢京合关注 0.5022020.10.28 17:56:10字数 844阅读 600 我的天,第一次接触甲基化数据,真是令人头大. 那就先从TCGA上下载某一种癌症的甲基化数据开始吧. 1.下载. 数 ...

之前对TCGA做了简单的了解,粗略了解了什么是TCGA,TCGA是做什么的等,接下来肯定是要学会如何下载TCGA数据,毕竟只有下载了数据才能继续学习官网常规下载 TCGA自2016年改版后,下载方式 ...

不知道为什么总是有人问我TCGA数据下载这么简单的问题,这问题简单到如何下载人类的hg19.fa这个参考基因组一下,就是http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpat ...

TCGA是目前使用最多的肿瘤组学数据库,虽然群主已经录制TCGA系列视频教程: 悄咪咪的上线了TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) 里面也提到了各种下载工具,但是作为学徒的我,学习过后 ...

各位科研芝士的朋友,大家好,今天我们继续分享关于TCGA数据下载的专题,之前给大家推出了四个推文,全部是无代码进行数据下载,如果我们想进一步提升自己的水平,那我们从今天开始,开启R语言编程下载TCGA ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

前言交代 1.学习参考之前参加了生信技能树花花老师的TCGA数据挖掘试讲课,收获很多,最近整理一下上课笔记,同时参考了老师的简书相关教程.生信入门的朋友也可微信加入生信星球公众号,个人觉得很好的一个 ...

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