GEO circRNA测序分析数据库 / 开普饭

GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Arr ...

导语环状RNA(circular RNAs, circRNA)是一类由 mRNA 前体经反向可变剪切而来的共价闭合且保守的单链转录本,长度跨度从几十bp到几千bp,在表观遗传及各种细胞过程中发挥重要 ...

前面我们已经介绍过circRNA的基础概念: 首先了解一下circRNA背景知识,背景知识,以及 circRNA芯片分析的一般流程,还有circRNA-seq分析的一般流程. 看起来好像是把circR ...

虽然我一直讲解的GEO数据挖掘,都是基于mRNA这样的表达芯片,但实际上miRNA,lncRNA,甚至circRNA芯片也是大同小异的分析流程. 所以,如果你确实是第一次接触circRNA芯片数据,完 ...

导语 Lnc2Cancer是一个手动管理的数据库,作者在PUBMED提供了lncRNA和人类癌症之间全面的实验支持的关联.中超过6500篇文献中手动收集了LncRNA与癌症之间的关联,完善了lncRN ...

A 什么是GEO数据库? GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库.它创建于2000年,收录了世 ...

你能想象有一天,跟你在一个界面对话的根本不是人,而是机器人或人工智能,然后他还特别懂你,你提出来的分析需求他都给你做了,这种感觉让人感觉五味陈杂. 上面这张图,你看到是什么感觉?你觉得是跟一个鲜活的人 ...

很多人知道都GEO这个数据库,但是很多人忽略了这个数据库,这个数据库是什么呢?那就是--ArrayExpress ArrayExpress是什么? ArrayExpress是主要科学期刊推荐的存储库之 ...

推荐两个可以进行GEO临床数据下载的网址乔治敦癌症数据库(G-DOC)(https://gdoc.georgetown.edu/gdoc/),G-DOC是一个精准医学平台,其中包含来自一万多个患者和 ...

#背景介绍单细胞测序分析可以解决肿瘤异质性的问题,提高实验数据分析的准确性,对临床医生对疾病的诊断.检测.治疗提供非常有价值的帮助,也是现今生命科学研究的焦点.但测序费用的昂贵让很多怀着科研梦想的人 ...

在GEO公共数据检索的时候,发现有一个数据集想要分析,但是发现是二代测序的数据,没有相关的原始数据处理经验,要怎么办呢? 二代测序对于没有生信基础的人的难点之前我们在介绍GEO分析基础的时候,提到过 ...

说起RNA甲基化,在调控基因表达.编辑.稳定性及降解等方面扮演重要角色,相比于 DNA 甲基化,RNA甲基化显得更加复杂,普遍存在于各种生物中.主要包括m1A.m5C.m6A及m7G等.其中m6A甲基 ...

circRNA建库与其他RNA相比,有何不同? 对于circRNA,有2种建库方式,一种是去线性化,这种方式只可以得到circRNA的信息,因此,如果只集中研究circRNA,可以选择此种方式:另外一 ...

编译:怀瑾,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读既往针对特定免疫球蛋白(Ig)受体谱的分析方法成本低且耗时长,本研究提出一种可快速.准确地分析免疫球蛋白谱(包含互补决定区3,CDR ...

编译:小北,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读目的:肿瘤的异质性是胃腺癌(GA)准确诊断和治疗的主要障碍.研究者在GA中利用单细胞RNA测序报道了系统的转录图谱来解释分子和细胞内的 ...

编译:小北,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读背景:心肌炎能够发展成为扩张型心肌病(DCM),这就需要心脏植入(HTx).心肌炎阶段的免疫学网络尚不明确.本研究旨在探究在心肌炎向D ...

编译:有点卡,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读目前全世界癌症的发病率持续增加,约40%的癌症患者接受化疗,一种常见的副作用也伴随而生-胃肠道粘膜炎,通常表现为小肠绒毛缩短,粘膜上 ...

编译:刘宁,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 韩国首尔国立大学In Ah Kim等人于2019年11月22日在医学国际权威期刊Radiotherapy and Oncology在线发表题 ...

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