CIRCpedia v2：circRNA注释及表达数据库
导语
环状RNA（circular RNAs, circRNA）是一类由 mRNA 前体经反向可变剪切而来的共价闭合且保守的单链转录本，长度跨度从几十bp到几千bp，在表观遗传及各种细胞过程中发挥重要作用。CIRCpedia v2是一个更新的综合数据库，数据来源于Gene Expression Omnibus (GEO), Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project, 及EMBL-European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)三大RNA-seq数据库其中包含来自六个不同物种（人、大小鼠、果蝇、斑马鱼）的180多个RNA-seq数据集的circRNA注释，识别到了262782个环状RNA。
各个物种环状RNA的数据量汇总
还可以通过物种，细胞系，基因名称或者基因组位置，circpedia中的环状RNA ID进行检索，数据库会给出环状RNA ID来源基因，对应的线性转录本，表达量，外显子的起始和终止位置，细胞系，保守性等信息，并可以用热图或者散点图的形式展现环状RNA在不同组织或者细胞系中的表达量。总而言之，这个数据库提供 circRNA 搜索，可视化，下载和在线可视化工具都是不在话下。
CIRCpedia v2
http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia
CIRCpedia v2首页
可看到CIRCpedia v2的四大功能：检索、浏览、下载和表达差异分析工具；还有来自六个物种的185 RNA-seq数据集的分析情况，大部分数据集中在人、小鼠和果蝇上。
01
Search
这里可以通过设置好需要研究的物种（species），组织和细胞类型（cell Line），研究的基因名称或者位置或者circID，就可以进行检索:
检索结果（以CAMSAP1为例）如下，可根据需要选择显示不同数据注释方式（circRNA、A5BS、A3BS）；点击“gene”下的基因名称，就会链接到genecard网站，以便更全面地了解该基因的信息（该功能目前局限于人源基因，而不适用于其他物种）；“ExonStart–ExonEnd”显示同一基因在不同细胞中不同的剪接方式包含的外显子；“cell line”显示该基因在这种细胞中特异反向剪接方式（但是检索结果中无法直接下载circRNAs的具体序列，只能下载circRNAs的检索汇总信息）；也给出了环状RNA ID，来源基因，对应的线性转录本，表达量，外显子的起始和终止位置，细胞系，保守性等信息。
人类circRNA的注释同时使用CIRCexplorer2及MapSplice 两种程序，并通过LiftOver 分析整合人类及小鼠间circRNA保守性信息。根据每百万map片段上反向剪切接头的map片段数量 (FPM) 来计算circRNA的表达，并同时支持单端及双端测序数据。
输出文件格式包括JSON, XML, CSV, or TXT。下载时可以选择数据来源，同时对人类circRNA搜索结果提供可视化工具（下一步）及GeneCards网站上来源基因的鉴定信息。
02
Browse
Browse面板的左边提供在染色体该位置上所有的能够鉴定的A3BS、A5BS、circRNA等信息，并通过面板右边可视化体现，包括基因注释、RNA-seq数据集、circRNA注释和备选反向拼接事件，点击具体的图形能够获得详细序列。上方的工具栏中可以切换其他基因组。另外，单击Browse中给定circRNA的track，将对其表达值（FPM）以进行可视化。通过JBowse基因组浏览器查看相关数据，示意如下：
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Download
Download可修改注释方式表格和物种，轻松下载相应的数据，Table其中A5BS和A3BS数据等待时间需要久点；Species有多个物种可以选择，选择某种cell line下载的话，下载可能会出错，建议选择all，后续再对下载文件进行筛选。
04
Tool
“Tool”功能可直接对不同circRNAs在不同组织和细胞中表达差异进行分析，主要是用热图或者散点图的形式展现环状RNA在不同组织或者细胞系中的表达量，这有是CIRCpedia v2的一大亮点。一般规定了基因组位置的circRNA，则规定了相应的物种；研究者可选择在不同的组织和细胞中比较表达差异，再以两种图显示出来。操作步骤是第一步输入环状RNA ID, 第二步选择物种，第三步选择细胞系，可以多选，第四步选择图表类型，然后点击Draw按钮，在右边的面板会显示对应的结果。
通过该数据库的在线工具，可以方便的探究不同物种的环状RNA和不同细胞系中环状RNA的表达量。
PS：介于很小比例的人类的circRNA (10%-20%) 同样出现在小鼠样本中，网站整合了LiftOver对两者间circRNA保守性分析的结果，结合Browse可视化工具，可对潜在环化位点附近的内含子序列特征进一步分析。
以上就是本期对CIRCpedia v2数据库的介绍。随着鉴定工具多样化及RNA反向互补序列计算工具的引入，将进一步减少转录组数据预测的假阳性及丰富circRNA的下游分析，因此CIRCpedia v2将来还是很实用的。