GEO数据库可能遇到的问题

(0)

相关推荐

  • 向GEO数据库提交数据-你想知道的都在这

    欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO.SEER数据挖掘. . 1. GEO数据库是什么? GEO数据库是免费的公共数据库, ...

  • 如何进行GEO临床数据查询

    推荐两个可以进行GEO临床数据下载的网址 乔治敦癌症数据库(G-DOC)(https://gdoc.georgetown.edu/gdoc/),G-DOC是一个精准医学平台,其中包含来自一万多个患者和 ...

  • 其实,GEO数据挖掘也很好发文章

    GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Arr ...

  • 除了GEO,其实我们还可以挖掘这个数据库

    很多人知道都GEO这个数据库,但是很多人忽略了这个数据库,这个数据库是什么呢?那就是--ArrayExpress ArrayExpress是什么? ArrayExpress是主要科学期刊推荐的存储库之 ...

  • 我不相信kmplot这个网页工具的结果(生存分析免费做)

    我们已经多次介绍过生存分析: 集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组吗 生存分析时间点问题 寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值 apply家族函数和for循环还是有区别的(批量生存分析出图bug ...

  • GEO数据库可能遇到的问题 (二)

    昨天我们介绍了在使用GEO数据可能遇到的一些问题(GEO数据库可能遇到的问题).由于篇幅的关系,还有一些没有说完,今天就把剩下的问题和大家说一下吧. 1 为什么GEO2R分析后不显示基因名 有很多表达 ...

  • 重磅!中文版GEO数据库来了!

    没有样本,没钱测序,如何拿别人的数据来发自己的文章呢? 公共数据库挖掘呀! 众所周知,TCGA和GEO是最著名的两大公共数据库,前者主要存储高通量(二代测序)数据的肿瘤样本数据(TCGA的0代码可视化 ...

  • GEO数据库使用教程及在线数据分析工具

    GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库.它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就 ...

  • 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够

    在第一讲我们详细介绍了GEO数据库的基础知识及规律,也了解了如何利用官方R包GEOquery来探索GEO数据库,当然,我的生信菜鸟团博客里面也从很多其它角度解析过它,欢迎大家自行搜索学习.总得来说,从 ...

  • 一万人陪你学习GEO数据库挖掘知识(公益视频听课笔记分享)

    耗费半年的时间精心制作了成套的生物信息学入门视频教程,并且在生信技能树联盟平台发布了这个长达74个小时全套生物信息学入门视频:生信技能树视频课程学习路径,这么好的视频还免费! 在B站看了看,大家学的热 ...

  • GEO数据库中国区镜像横空出世

    接收到太多的粉丝求助,想下载个表达矩阵做一下数据挖掘偏偏第一步就卡在了,数据文件下载半天毫无动静,或者下载到99%就卡死了.如果我恰好在电脑旁,通常会帮忙下载后微云或者百度云传递给粉丝,但这毕竟不是长 ...

  • GEO数据库中国区镜像奔走相告啊

    最近还是大量粉丝留言表示自己因为疫情困在家里,想做数据挖掘混个本科毕业论文,但是看完我的GEO数据挖掘视频后,想下载个数据集,就被卡死了,实在是巧妇难为无米之炊! 这个不怪大家,我给大家的免费的GEO ...

  • 读取GEO数据库的单细胞转录组表达矩阵文本文件的一种方式

    最近在读AUCell包的文档,链接是:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AUCell.html,这个包的教程我已经写完了, 在 :使 ...

  • 上传数据到GEO数据库实战笔记

    师兄的文章要送审,编辑让把RNA-seq的数据传到GEO数据库上,今天就在传这个数据. 之前没传过数据,今天就是一边学一边搞这个. 一.注册账号 先注册一个GEO账号 二.准备工作 选择Data ty ...