scRNA-seq的表达矩阵待解决的发育生物学问题 / 开普饭

中国最早的医学典籍<黄帝内经>早在两千多年前就指出:圣人不治已病治未病.不过,早期发现癌症的主要障碍之一是我们对肿瘤启动事件了解不足.历来,癌症研究一直集中于已发生肿瘤的组织学和分子学特征 ...

最近生信技能树的很多朋友反馈一个GEOquery的bug,而且这个错误对初学者来说,是不可能解决的问题,值得分享一下!(2018-11-27 计) 就是昨天推文末尾的小测试: GEOquery包的ge ...

如果你问我: 谁是演艺圈最会说话的人? 我的答案是:黄渤. 为什么? 作为演员,黄渤的演技自然没的说,而黄渤的每一次高情商表现,都在刷新人们关于"会说话"的认知. 据说有一次,马云 ...

貌代码被折叠了,大家需要阅读原文才能复制粘贴我代码在Rstudio里面直接运行,几分钟就可以学会15个图的制作! basic visualization for expression matrix j ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! SRA->FASTQ->BAM->COUNTS 这几个步骤而已,中间穿插一些质控的手段,每 ...

在第一讲我们详细介绍了GEO数据库的基础知识及规律,也了解了如何利用官方R包GEOquery来探索GEO数据库,当然,我的生信菜鸟团博客里面也从很多其它角度解析过它,欢迎大家自行搜索学习.总得来说,从 ...

发表这个算法的文章是:Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitr ...

事情起源于,某个吃了很多汉堡王一起学习的日子,技能树一众学徒一起学习从GEO数据挖掘到limma差异分析等等等. 选的数据集倒是很有.趣.依据原始表达矩阵随便画的热图是这样的

我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述)给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战,所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期: RNA-seq的counts值,RPM, RP ...

我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述)给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战: 所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期:表达矩阵的归一化和标准化,去除极端值,异常值 ...

scRNA-seq的表达矩阵待解决的发育生物学问题