转录组的高级分析前该如何标准化数据？ / 开普饭

今天我们来学习R语言DESeq2包,原理什么的后不说,在操作过程中点缀一下,等四个差异包推送完成后,咱们在对这四个包做差异分析的原理做一个比较分析: 这个包适用于: 高通量数据分析过程中,基于coun ...

差异分析包含两类数据:芯片数据+测序数据芯片数据:limma包分析测序数据:edgeR包+DESeq2包分析 edgeR包+DESeq2包分析counts数据 counts为数值型,整数 FPKM ...

任务载入表达矩阵,然后设置好分组信息用DEseq2进行差异分析,也可以走走edgeR或者limma的voom流程基本任务是得到差异分析结果,进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点. 了解差异基因 ...

于是,TBtools - RNAseq 全家桶到位! 写在前面很久很久以前,TBtools 解决了 RNAseq 数据分析中几个常见问题: 基因功能注释,NR,SWISSPROT,GO注释等基因集 ...

利用R包DEseq2进行差异表达分析和可视化 count数矩阵差异分析 1. 安装并载入R包 2. count数矩阵导入并对矩阵进行数据处理 3. 查看样本相关性并采用热图展示 4. hclust对 ...

一般来说,数据分析的任何一个点都会有成百上千个实验室在为之努力,比如比对,定量,可变剪切,融合基因这些步骤,那么同时也会有很多工具测评的文章,比如针对融合基因的随便搜一下,就可以发现下面两个: 201 ...

编译:微科盟澜粒粒,编辑:微科盟景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读萌发是成熟种子的胚根开始穿透周围的屏障发育成幼苗的一个过程,已有多种环境因素对其过程产生影响.对于高盐度如何影响C4植物 ...

编译:刘娟,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本文采用单细胞RNA-seq,分析非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者肿瘤组织样本, ...

编译:秦时明月,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读盐胁迫是限制全球水稻生产的主要非生物胁迫之一.直播栽培模式下,水稻芽期耐盐性直接影响秧苗成活率和最终产量.然而,有关芽期耐盐性的数 ...

编译:洛雪,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读随着人口老龄化,患有阿尔茨海默病的人数逐渐增多,给家庭和社会带来了沉重的负担,并且目前没有根治药物.有研究表明,当归芍药散(DSS)可 ...

编译:YQ,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读杂种优势指杂交的F1代在抗病性.产量质量等性状上优于纯合亲本的生物学现象,广泛应用于作物和动物的选育上,然而其分子机制尚未研究清楚. ...

编译:凉风月,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读胚珠作为植物雌配子的载体,是进行雌配子体形成.受精.胚胎发生和种子发育等有性生殖基本过程的场所.胚珠的形成和发育在二倍体和单倍体交替 ...

编译:杨峰,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读大黄鱼(Larimichthys crocea)是我国东南沿海最重要的海洋经济鱼类之一.然而,低氧胁迫是大黄鱼产业良性发展的主要障碍. ...

编译:Emma,编辑:Emma.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读萌发是成熟种子的胚根开始穿透周围屏障成为幼苗的植物发育过程,多种环境因素都对其产生影响.目前还不清楚高盐度如何影响C4植物-玉 ...

转录组的高级分析前该如何标准化数据？