单细胞转录组得到的基因集如何看生存效果呢？（不妨试试看GSVA） / 开普饭

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

2020年非肿瘤的免疫浸润肯定是一个大热门!还没有做的小伙伴就参考着这篇文章可以开始设计自己的课题了. Elucidating the molecular pathways and immune sy ...

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID.超几何富集分析等.都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2505天这款全能型工具,不容错过! 我们解螺旋曾在2019年给大家介绍过一款重磅挖掘TCGA数据库的工具,一款超牛超好用的超燃神器,是由华中科技大学生命科学院郭安源教授 ...

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域: 1.探索各类肿瘤不同临床特征(性别.年龄.种族.临床分期)的预后(生存曲线) 2.探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 使用AUCell识别单细胞rna数据中具有活性&q ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

看到于2020年11月发表在杂志<nature cancer>的文章:<Mutations in BRCA1 and BRCA2 differentially affect the ...

我注意到绝大部分肿瘤相关的单细胞转录组研究的落脚点都是在肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例,包括 B细胞,T细胞,巨噬细胞,树突细胞等等,而且这些细胞亚群都是可以继续细分.但实际上在没有单细胞转录组数据这个 ...

如果你看了我的单细胞转录组数据分析的基础10讲: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03. 过滤不合格细胞和基因(数据质控很重要) 04. 过滤线粒体核糖体基因 05. 去 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树. 生信技能树核心成员,单细胞天地特约撰稿人,简书创作者,单细胞数据科学家. SPATA - SPAtial Tran ...

偶尔逛朋友圈发现一年前跟着我们生信技能树学生信的研究生开发了自己的单细胞数据分析相关R包,4(热图,气泡图,upset图,堆叠条形图)+4(密度散点图,半小提琴,山峦图,密度热图)美图吸引了我的注意力 ...

单细胞转录组得到的基因集如何看生存效果呢？（不妨试试看GSVA）