TCGA数据库LUSC亚型批量差异分析 / 开普饭

R语言完整的Lefse分析写在前面怎么说呢,我在之前的推送中,在R语言中实现了LEFse分析过程.但是我没有将数据前处理和结果的物种分类图形做出来.这是一定要在R语言中操作的,要不然,仅仅是实现了 ...

关于这个estimate,我们在生信技能树公众号已经是多次分享了,主要是因为肿瘤本身具有异质性而且肿瘤取样问题,所以我们拿到了肿瘤数据(比如表达量矩阵)里面除了恶性癌症细胞的,还有基质细胞和免疫细胞的 ...

分析基本思路: 1.首先我们应该要知道什么是肿瘤的免疫细胞浸润模式,通过一些什么样的原理,可以用什么样的软件进行分析. 肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织,开始发挥它的作用,可以从肿瘤组 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2612天肝癌纯生信大家好,我是Jerry,今天我给大家分享一篇单基因在肝癌疾病方面的纯生信文章,该文章是发表于Aging-US杂志上,最新影响因子为5.682分.该篇 ...

让我们一起科研吧~ 小燕子肿瘤微环境是当前研究的一个热点,无论是国自然还是发SCI,都是比较热的点,那么,数据挖掘也不例外,很多人喜欢追随这样的热点.(肿瘤微环境是指肿瘤的发生.生长及转移与肿瘤细胞 ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

在August 2018文章看到,作者使用了 49 FDA approved drugs to the 5605 tumor samples from 21 cancer types 这样的信息. T ...

看自己感兴趣的基因在自己研究的癌症的预后相关性是高频需求,其实就是拿到基因在癌症病人的表达信息,然后就可以根据表达量高低对病人进行分组,最后这个分组是否统计学显著的把病人的生存情况区分开来. 但是我没 ...

如果你不懂代码,不懂网站规则,那么最简单的就是直接使用UCSC xena 浏览器啦!!!网站:https://xenabrowser.net/datapages/ 理论上也可以完成大部分数据探索的,甚 ...

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