TCGA数据库的normal样本不够可以拿GTEx来凑 / 开普饭

我们人体的基因表达情况是会随着年龄的变化发生变化的.通过了解正常人当中那些基因随着年龄会发生变化,对于研究和年龄有关的疾病也有种重要的作用.今天就来介绍一个年龄有关基因表达数据库:ADEIP (htt ...

我们在进行数据库介绍,尤其是肿瘤相关数据库的时候,经常会提到说这个使用了 TCGA/GTEx 数据库的数据,那么这两个数据库到底是什么呢?为什么会有用这两个数据库呢?另外呢,由于最近ICGC提的也比 ...

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

相信绝大多数研究肿瘤的科研工作者的工作都离不开某个特定的基因,现在绝大部分的单基因的生信文章也都有这么一个图,我就随便列举一些文章的Figure1 比如再比如再比如再比如再比如再比如再比如 ...

GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)这个工具可以说是分析TCGA数据库数据分析工具中比较简单好用的工具了,包括生存分析,表达差异分析,相关性分析等, ...

关于可变剪切研究的数据库,尤其是在肿瘤当中研究可变剪切的数据库.之前我们介绍过了[[tsvdb-可变剪切分析数据库]]以及[[TCGA Spliceseq-可变剪切相关数据库]] 这两个基于 TCGA ...

关于TCGA表达数据的分析.之前我们我们介绍过.目前可能用的最多的也就是GEPIA了.之前在GEPIA2发表的时候(GEPIA I, GEPIA II),我们对这个数据库进行了介绍.最近.GEPIA的 ...

昨天介绍的TC3A是基于TCGA肿瘤数据来进行分析的,而这次的这个APA atlas (https://hanlab.uth.edu/apa/)则是基于GTEx的数据来分析的.如果不清楚TCGA和GT ...

一款操作简单.快速有效的TCGA数据挖掘分析的网站工具---UALCAN . UALCAN (http://ualcan.path.uab.edu/index.html)是一个基于PERL-CGI.j ...

分析基本思路: 1.首先我们应该要知道什么是肿瘤的免疫细胞浸润模式,通过一些什么样的原理,可以用什么样的软件进行分析. 肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织,开始发挥它的作用,可以从肿瘤组 ...

让我们一起科研吧~ 小燕子肿瘤微环境是当前研究的一个热点,无论是国自然还是发SCI,都是比较热的点,那么,数据挖掘也不例外,很多人喜欢追随这样的热点.(肿瘤微环境是指肿瘤的发生.生长及转移与肿瘤细胞 ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

在August 2018文章看到,作者使用了 49 FDA approved drugs to the 5605 tumor samples from 21 cancer types 这样的信息. T ...

看自己感兴趣的基因在自己研究的癌症的预后相关性是高频需求,其实就是拿到基因在癌症病人的表达信息,然后就可以根据表达量高低对病人进行分组,最后这个分组是否统计学显著的把病人的生存情况区分开来. 但是我没 ...

如果你不懂代码,不懂网站规则,那么最简单的就是直接使用UCSC xena 浏览器啦!!!网站:https://xenabrowser.net/datapages/ 理论上也可以完成大部分数据探索的,甚 ...

因为TCGA计划跨时太长,这些年找somatic变异的软件也很多,所以TCGA团队下功夫在计划结束后(April 2018)完整的系统性的整理了最后的somatic突变数据.依托于文章:[Scalab ...

简称为: TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource (TCGA-CDR) 前面我们推送过另外两个大全: TCGA数据库maf突变资料官方大全 TCGA的pan-ca ...

TCGA数据库的normal样本不够可以拿GTEx来凑