让你的基因有名字 / 开普饭

易点评循环外泌体RNA(尤其是miRNA)已经成为检测早期癌症的最具前景的生物标志物之一.本研究即是一例循环外泌体作为宫颈癌早期筛查潜在标志物的开发案例. 背景宫颈癌(CC)是20至39岁女性患癌 ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

转录组.蛋白组等测序结束后,筛选差异基因之后需要做的第一步工作可能就是需要功能富集,看基因的作用.做富集的工具也有很多,在线的工具也有大批,但是总体来说更新较慢,可视化操作不是很强. R语言成了很多人 ...

GSEA是非常常见的富集分析方式,以前我们做GSEA需要用依赖java的GSEA软件,那个时候准备分析的文件可能要花上很长时间,报错还不知道如何处理.现在我们来学习一下R语言进行GSEA分析. 加载R ...

Adipose depot gene expression and intelectin-1 in the metabolic response to cancer and cachexia 贮脂基因 ...

首先肯定是需要自行搜索了解 entrez gene ID, HUGO symbol, refseq ID, ensembl ID 这些专有名词咯. 然后直接把下面的代码运行一下,把输出的all_gen ...

在单细胞课程售后群看到提问,一个表格直接读进来是这样,如下图, 他想把第一列变成行号,就加了一个参数:row.names=1 结果报错了. 有趣的是他的提问:行是基因号,怎么会有重复的行呢? 我的回答 ...

太多人咨询基因的各种ID转换问题,在非模式生物的物种里面更麻烦,因为数据库注释资源并不权威. 但是实际上这样的基因ID转换也不是必须的,因为差异分析要的是表达量矩阵,基因名字并不重要啊,后面的注释也是 ...

看到单细胞转录组测序数据的文献:<Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes and tissue-resident ...

在这个世界上有太多种类的狗狗了,有的高有的矮,有的胖有的瘦,而基本上所有的狗狗之间都是可以有下一代的,也就是说有了串串这种狗狗,如果是完全不同的两只狗狗的话,它们的下一代长相也会很特殊吧! 就有这么一 ...

最近连续看到了两个单基因研究文章,它们的落脚点都是敲减过表达具体的某个基因看它的效果.但是我仔细看了文章里面提到的基因名字,和其上传到geo数据库的居然是不一致的! 首先是Mth938 domain ...

金庸先生是当代有名的武侠小说作家,老人家已经走了两年,但他的作品却一直影响着我们.在金庸先生的武侠世界中,他曾刻画出很多让人印象深刻的人物,比如韦小宝.张无忌.乔峰.令狐冲等,还有我们今天要说到的张三 ...

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让你的基因有名字