使用refGenome加上dplyr玩转gtf文件 / 开普饭

与常规的RNA-Seq一样,10x单细胞RNA-Seq/ST-Seq也需要测序数据比对到参考基因组进行基因的定量.那么参考基因组的质量就对单细胞的分析结果有着重大的影响. 接下来小编就给大家介绍一下1 ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

目录一.什么是参考基因组和基因组注释?二.参考基因组版本命名1.常用人参考基因组对应表2.常用小鼠参考基因组对应表三.下载1.NCBI2.Ensemble3.GENCODE4.UCSC5.iGenom ...

看到一个成熟的R包,所以推荐一下 https://knausb.github.io/vcfR_documentation/ https://cran.r-project.org/web/package ...

(本文作者:drjimmiewen ) 上个月听了jimmy老师的巡讲后,开始学习GEO数据挖掘,看了相关视频后,想实战一把,于是看了jimmy老师去年开始分享的GEO数据挖掘帖子,没想到第一期就碰到 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

写在前面 Emm....最近确实是忙到晕头转向,所以一直没有继续写.今晚似乎还有大半个小时的时间,便尝试写写.这篇推文应是 <-零命令行-生信下游数据分析>的第五贴,主题定为基于gff3/ ...

写在前面大概一年前就有不少朋友提到想了解相关功能的操作.尽管在公众号上已推送过几乎每一个功能的推送,但文字吸收效率可能确实不如视频讲演.一年前挖的坑,现在终于可以填了.直接原因还是最近数据分析时优化 ...

关键词:PDF:分割:格式转换:操作难度*** 可以按数字搜索前期发布过的文章温馨提示:结合以下文章阅读效果更佳 <菜鸟记13-制作PDF电子书> <菜鸟记80-如何获取PDF中的 ...

如果像成年人提出这样一个问题:你快乐吗?估计大部分人都会犹豫一会儿才去回答.但是如果这个问题问十岁以下的小孩,估计大部分小孩会脱口而出:我很快乐!这是因为成年人背负的责任太多,而且需要索取的东西也太多 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

使用refGenome加上dplyr玩转gtf文件