在R里面玩转vcf文件 / 开普饭

[软件介绍]IGV软件的安装和基本介绍 - 目录 1. IGV 下载与安装 2. Java 安装及环境变量设置 3. IGV 基本介绍 3.1 IGV 界面布局 3.2 IGV 结果界面 3.3 序列 ...

作者:charon 审稿:童蒙编辑:amethyst 二代测序技术蓬勃发展,已经用于临床上辅助疾病诊断,利用二代测序数据挖掘孟德尔遗传病相关的基因及变异位点也是越来越普遍.近年来,研究人员开发出很多 ...

写在前面这两天有看到几个用户朋友在生信札记讨论群中讨论了基因结构图的绘制.看到其他用户一直推荐 GSDS,我便也没有作声,毕竟 GSDS 确实是很优秀的网页软件.而现实情况是,近期 GSDS 网站无 ...

逆世战神大R怎么玩怒火一刀复古手游氪金攻略指南 Hi~ o(*￣▽￣*)ブ各位玩家,在至尊神器怒火一刀手游中,满屏光柱,满地装备,刀刀buff,超好玩的手游怎么氪金呢?今天小编就带大家一起来看看氪 ...

需求客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt image.png test.vcf image.png 代码实现 ...

vcf文件标记dbSNP的rsID号的这个问题非常多的人问过,大部分的variation calling软件给出的vcf文件里面第3列都是一个纯粹的dot占位符,如下: 但是,我们往往想知道,这个染色 ...

这一讲中,我们对VCF中的"VAF"简单的来看一起,如果你对VCF文件还不了解的话,那你就要自我批评一下了.在基因组直播刚开始的时候,我还专门对VCF文件进行了简述.[直播]我的基 ...

首先要下载并且得到人类基因组的外显子坐标记录文件这里我用的参考基因组版本仍然是hg19,所以去CCDS数据库里面下载对应版本,并且格式化成BED文件. wget ftp://ftp.ncbi.nl ...

这个软件比较重要,尤其是对做遗传变异相关研究的,很多人做完了snp-calling后喜欢用ANNOVAR来进行注释,但是那个注释还是相对比较简单,只能得到该突变位点在基因的哪个区域,哪个基因这样的信息 ...

这不是简单的坐标合并,多个样本的vcf文件里面都只会记录对应样本的变异位点信息,但是因为样本检测手段不一致,可能是WGS或者WES,或者不会测序,意味着基因组某些区域可能是根本就没有被测序到,也就无从 ...

完全看懂这个教程需要的背景知识比较多! 生信技能树GATK4系列教程 GATK4的gvcf流程你以为的可能不是你以为的新鲜出炉的GATK4培训教材全套PPT,赶快下载学习吧曾老湿最新私已:GAT ...

参考:https://www.biostars.org/p/224702/ 非常多已经造好的轮子可以完成,包括bcftools,vcftools,还有大名鼎鼎的GATK,随便举例如下: module ...

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