NC单细胞文章复现(三)：Clustering / 开普饭

Nature Communications [IF:12.121] Prox1-positive cells monitor and sustain the murine intestinal epi ...

摘自:xuzhougeng https://www.jianshu.com/p/cf7a7341b0b6 目前该软件只支持Mouse和Human,不支持其他物种,因此不是这两个物种的小伙伴可以不用看了 ...

近期,中国医学科学院肿瘤医院赫捷院士团队与泛生子合作,在Nature Communications(影响因子12.121)上发表了关于肺肉瘤样癌(PSC)的重磅研究成果,依托泛生子全外显子检测(WES ...

ML之K-means:基于(完整的)手写数字图片识别数据集利用K-means算法实现图片聚类输出结果设计思路核心代码 metrics.adjusted_rand_score(y_test, y_ ...

我们这次直接拿GSE118390上已经normalized 的数据进行下游分析.首先我们先看看文献的这张复杂热图,哈哈,这张热图画得真是好看.左边是不同的markers基因对应的细胞类型,上边是6个T ...

很开心能在2020年加入"单细胞天地"这个团队,作为单细胞新手,我希望未来能学会更多的单细胞测序知识,写更多的笔记,撸起袖子干呗! 最近看到了2018年Cell的一篇乳腺癌单细胞文 ...

我们开始看看作者是怎么标准化数据的.考虑到各种混杂因素对单个细胞中定量表达水平的影响,混杂因素包括dropout events的频率.单个细胞中的低表达量mRNA.不同类型细胞捕获的高可变性或技术噪声 ...

我们昨日进行clustering之后,将1107个细胞分成了9个簇,今天学习tsne方面的知识. ##将unknown and undecided cells去除掉 unkund <- whic ...

在上一节,由于大部分细胞(868个)都被归为上皮细胞群中(Fig2 c),这868个细胞可被分成5个cluster,接着对这5个cluster细胞进行探索.我们使用一组来自对乳腺肿块的非监督分析的基因 ...

我们今天继续探索这3个gene signatures,首先看它在不同clusters的细胞之间的表达分布. clust_avg_prognosis <- matrix(NA, nrow = le ...

河北出版传媒集团主办有温度更有态度来源/时代楷模发布厅说起香港, 我们很多人首先会想到香港的电影. 然而,可能很多人不敢相信, 1965年,横扫香港票房, 创下当年中西影片最高卖座纪录的, ...

我们都有自己的家.这个家,前半生是和爸妈一起,后半生是和丈夫妻儿一起. "家"的内涵,其实继承了两代人的惦念. 不管哪个家都很重要.第一个家,父母给了你什么,那么第二个家建立的时候 ...

人人向往的生信文章究竟是怎么做出来的?生信小白如何从零起步,读懂生信图.做出漂亮的生信图片?SCI生信文章复现系列为你打开新世界大门,带你逐一复现生信SCI全文图片,手把手教你发生信SCI!本节将为大 ...

NC单细胞文章复现(三)：Clustering