NC单细胞文章复现(二)：标准化 / 开普饭

本文为连载第6部分(共计6篇) 在上几篇文章中,谈及的了下面部分: "TPM的故事---准备 TPM的故事---基础数据收集 TPM的故事---团队活动 TPM的故事---初步清洁检查 TP ...

很开心能在2020年加入"单细胞天地"这个团队,作为单细胞新手,我希望未来能学会更多的单细胞测序知识,写更多的笔记,撸起袖子干呗! 最近看到了2018年Cell的一篇乳腺癌单细胞文 ...

我们这次直接拿GSE118390上已经normalized 的数据进行下游分析.首先我们先看看文献的这张复杂热图,哈哈,这张热图画得真是好看.左边是不同的markers基因对应的细胞类型,上边是6个T ...

我们上次基于各种marker对1189个细胞进行分类,然而,仅基于marker对细胞进行分类可能是不精确的,特别是考虑到scRNA-seq数据的high dropout rate .因此,在进行t- ...

我们昨日进行clustering之后,将1107个细胞分成了9个簇,今天学习tsne方面的知识. ##将unknown and undecided cells去除掉 unkund <- whic ...

在上一节,由于大部分细胞(868个)都被归为上皮细胞群中(Fig2 c),这868个细胞可被分成5个cluster,接着对这5个cluster细胞进行探索.我们使用一组来自对乳腺肿块的非监督分析的基因 ...

我们今天继续探索这3个gene signatures,首先看它在不同clusters的细胞之间的表达分布. clust_avg_prognosis <- matrix(NA, nrow = le ...

上次我们说到心相的特征以及基本了解心相运行的不同形态.那么我们再深度去认识心相的发生依几种因缘以及如何不受心相的滋扰达到心的平静. 我们之所以遇事急躁,归根结底就是定力不足.定力的培养并不是让处于摇摆 ...

人人向往的生信文章究竟是怎么做出来的?生信小白如何从零起步,读懂生信图.做出漂亮的生信图片?SCI生信文章复现系列为你打开新世界大门,带你逐一复现生信SCI全文图片,手把手教你发生信SCI!本节将为大 ...

2019年7月份,麦肯锡发布了一份报告<Industry 4.0--Capturing Value at Scale in discrete Manufacturing>,根据麦肯锡的报告 ...

NC单细胞文章复现(二)：标准化