NC单细胞文章复现(七)：Gene expression signatures(2) / 开普饭

ComplexHeatmap可以绘制很复杂的热图,能满足日常以及文章所需,本次先简单的介绍单个热图绘制的内容. 单个热图由热图主体和热图组件组成.其中主体可分为行和列:组件可以是标题.树状图.矩阵名称 ...

聊聊 Python 数据处理全家桶(Memca 篇) 1. 前言上一篇文章中,我们聊到使用 xlrd.xlwt.xlutils 这一组合操作 Excel 的方法最全总结 | 聊聊 Python 办 ...

在上一节,由于大部分细胞(868个)都被归为上皮细胞群中(Fig2 c),这868个细胞可被分成5个cluster,接着对这5个cluster细胞进行探索.我们使用一组来自对乳腺肿块的非监督分析的基因 ...

很开心能在2020年加入"单细胞天地"这个团队,作为单细胞新手,我希望未来能学会更多的单细胞测序知识,写更多的笔记,撸起袖子干呗! 最近看到了2018年Cell的一篇乳腺癌单细胞文 ...

我们开始看看作者是怎么标准化数据的.考虑到各种混杂因素对单个细胞中定量表达水平的影响,混杂因素包括dropout events的频率.单个细胞中的低表达量mRNA.不同类型细胞捕获的高可变性或技术噪声 ...

我们这次直接拿GSE118390上已经normalized 的数据进行下游分析.首先我们先看看文献的这张复杂热图,哈哈,这张热图画得真是好看.左边是不同的markers基因对应的细胞类型,上边是6个T ...

我们上次基于各种marker对1189个细胞进行分类,然而,仅基于marker对细胞进行分类可能是不精确的,特别是考虑到scRNA-seq数据的high dropout rate .因此,在进行t- ...

我们昨日进行clustering之后,将1107个细胞分成了9个簇,今天学习tsne方面的知识. ##将unknown and undecided cells去除掉 unkund <- whic ...

人人向往的生信文章究竟是怎么做出来的?生信小白如何从零起步,读懂生信图.做出漂亮的生信图片?SCI生信文章复现系列为你打开新世界大门,带你逐一复现生信SCI全文图片,手把手教你发生信SCI!本节将为大 ...

蛋白质组学第1期-认识基础概念蛋白质组学第2期-认识蛋白质组学原始数据蛋白质组学第3期-蛋白质组学的三大元素蛋白质组学第4期文章搜库过程复现蛋白质组学第5期搜库软件之 MaxQuant 再介 ...

眨眼睛我们单细胞天地又持续输出了一年,但是我们团队毕竟不是科研服务公司,没有人付费养着我们做研发.所以现有团队实在是时间和精力实在是有限,尤其是单细胞领域高速飞奔,CNS文章发表的速度远超我们能提供的 ...

NC单细胞文章复现(七)：Gene expression signatures(2)