NC单细胞文章复现(三)：复杂热图 / 开普饭

生物通报道:为何乳腺癌会进一步发展,为何某些患者会对治疗产生耐药性?来自巴塞尔大学的一组研究人员近期针对乳腺组织的分子进程提出了新的见解,他们发现抑癌因子LATS在乳腺癌发展和治疗过程中扮演了关键的角 ...

Nature Communications [IF:12.121] Prox1-positive cells monitor and sustain the murine intestinal epi ...

pheatmap是一个非常受欢迎的绘制热图的R包.ComplexHeatmap包即是受之启发而来.你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同.在pheatmap的时代(请允 ...

我们上次基于各种marker对1189个细胞进行分类,然而,仅基于marker对细胞进行分类可能是不精确的,特别是考虑到scRNA-seq数据的high dropout rate .因此,在进行t- ...

很开心能在2020年加入"单细胞天地"这个团队,作为单细胞新手,我希望未来能学会更多的单细胞测序知识,写更多的笔记,撸起袖子干呗! 最近看到了2018年Cell的一篇乳腺癌单细胞文 ...

我们开始看看作者是怎么标准化数据的.考虑到各种混杂因素对单个细胞中定量表达水平的影响,混杂因素包括dropout events的频率.单个细胞中的低表达量mRNA.不同类型细胞捕获的高可变性或技术噪声 ...

我们昨日进行clustering之后,将1107个细胞分成了9个簇,今天学习tsne方面的知识. ##将unknown and undecided cells去除掉 unkund <- whic ...

在上一节,由于大部分细胞(868个)都被归为上皮细胞群中(Fig2 c),这868个细胞可被分成5个cluster,接着对这5个cluster细胞进行探索.我们使用一组来自对乳腺肿块的非监督分析的基因 ...

我们今天继续探索这3个gene signatures,首先看它在不同clusters的细胞之间的表达分布. clust_avg_prognosis <- matrix(NA, nrow = le ...

文章标题是:Tinagl1 Suppresses Triple-Negative Breast Cancer Progression and Metastasis by Simultaneously ...

文章信息要素拆解: 疾病:胰腺癌表型:预后数据来源:TCGA GEO 数据解读: 本文共包括9张图,[挑]作者首先锁定TPM家族,在oncomine数据库分析TPM1-TPM4 mRNA表达情况 ...

前面我们提到过broad开发了工具来对单细胞转录组数据计算CNV及绘制热图,因为这个方法学本来就是他们建立起来的. 单细胞转录组数据分析CNV 使用broad出品的inferCNV来对单细胞转录组数据 ...

NC单细胞文章复现(三)：复杂热图