NC单细胞文章复现(一)：质控 / 开普饭

很多时候我们得到的转录组格式为Count,例如在TCGA数据库下载的数据,如果我们想使用FPKM格式或者TPM,那么就需要转换,不过TCGA数据库也提供了FPKM的格式,貌似miRNA数据只有Coun ...

前面我们做了TCGA的差异分析,并且用ggplot2验证了差异分析的准确性,TCGA差异分析及ggplot作图验证,而差异分析后一般会又热图和火山图,热图我们之前也有说过热图系列1,R语言学习系列之& ...

GO分析相信是所有小伙伴都需要用到的,那么,我们如何使用R中的GOplot包绘制一张完美的GO富集分析图呢? 首先,我们打开R,用以下命令进行 G O p l o t 包的安装 install.pac ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

本文为连载第6部分(共计6篇) 在上几篇文章中,谈及的了下面部分: "TPM的故事---准备 TPM的故事---基础数据收集 TPM的故事---团队活动 TPM的故事---初步清洁检查 TP ...

我们开始看看作者是怎么标准化数据的.考虑到各种混杂因素对单个细胞中定量表达水平的影响,混杂因素包括dropout events的频率.单个细胞中的低表达量mRNA.不同类型细胞捕获的高可变性或技术噪声 ...

我们这次直接拿GSE118390上已经normalized 的数据进行下游分析.首先我们先看看文献的这张复杂热图,哈哈,这张热图画得真是好看.左边是不同的markers基因对应的细胞类型,上边是6个T ...

我们上次基于各种marker对1189个细胞进行分类,然而,仅基于marker对细胞进行分类可能是不精确的,特别是考虑到scRNA-seq数据的high dropout rate .因此,在进行t- ...

我们昨日进行clustering之后,将1107个细胞分成了9个簇,今天学习tsne方面的知识. ##将unknown and undecided cells去除掉 unkund <- whic ...

在上一节,由于大部分细胞(868个)都被归为上皮细胞群中(Fig2 c),这868个细胞可被分成5个cluster,接着对这5个cluster细胞进行探索.我们使用一组来自对乳腺肿块的非监督分析的基因 ...

我们今天继续探索这3个gene signatures,首先看它在不同clusters的细胞之间的表达分布. clust_avg_prognosis <- matrix(NA, nrow = le ...

人人向往的生信文章究竟是怎么做出来的?生信小白如何从零起步,读懂生信图.做出漂亮的生信图片?SCI生信文章复现系列为你打开新世界大门,带你逐一复现生信SCI全文图片,手把手教你发生信SCI!本节将为大 ...

蛋白质组学第1期-认识基础概念蛋白质组学第2期-认识蛋白质组学原始数据蛋白质组学第3期-蛋白质组学的三大元素蛋白质组学第4期文章搜库过程复现蛋白质组学第5期搜库软件之 MaxQuant 再介 ...

眨眼睛我们单细胞天地又持续输出了一年,但是我们团队毕竟不是科研服务公司,没有人付费养着我们做研发.所以现有团队实在是时间和精力实在是有限,尤其是单细胞领域高速飞奔,CNS文章发表的速度远超我们能提供的 ...

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