NC单细胞文章复现(五)：tSNE / 开普饭

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

TSNE提供了一种有效的数据降维方式,让我们可以在2维或3维的空间中展示聚类结果. #-*- coding: utf-8 -*-from __future__ import unicode_liter ...

大家好,我是风.欢迎来到风风的从零开始单细胞系列.前面我们已经学习了数据下载.构建分析对象和数据质控.如果你的scater出现了一些警告内容,提示函数被替代,那也不用着急.正如其他内容一样,scate ...

很开心能在2020年加入"单细胞天地"这个团队,作为单细胞新手,我希望未来能学会更多的单细胞测序知识,写更多的笔记,撸起袖子干呗! 最近看到了2018年Cell的一篇乳腺癌单细胞文 ...

我们开始看看作者是怎么标准化数据的.考虑到各种混杂因素对单个细胞中定量表达水平的影响,混杂因素包括dropout events的频率.单个细胞中的低表达量mRNA.不同类型细胞捕获的高可变性或技术噪声 ...

我们这次直接拿GSE118390上已经normalized 的数据进行下游分析.首先我们先看看文献的这张复杂热图,哈哈,这张热图画得真是好看.左边是不同的markers基因对应的细胞类型,上边是6个T ...

我们上次基于各种marker对1189个细胞进行分类,然而,仅基于marker对细胞进行分类可能是不精确的,特别是考虑到scRNA-seq数据的high dropout rate .因此,在进行t- ...

在上一节,由于大部分细胞(868个)都被归为上皮细胞群中(Fig2 c),这868个细胞可被分成5个cluster,接着对这5个cluster细胞进行探索.我们使用一组来自对乳腺肿块的非监督分析的基因 ...

我们今天继续探索这3个gene signatures,首先看它在不同clusters的细胞之间的表达分布. clust_avg_prognosis <- matrix(NA, nrow = le ...

日前,在<今日头条>的<悟空问答>上,一些用户们在讨论一个问题"什么样的文章,算成功的文章".毕竟,在<今日头条>码字的自媒体人们,无时无刻不在 ...

五十岁老么?有活力不老.二十岁年轻嘛?抑郁压身就老.老如何评判?老又怎样定位?只有自己的心态说了算. 五十岁前的你无所畏惧想干啥就干啥.五十岁后的你变得很小心做事不再鲁莽遇事学会冷静. 五十岁前的你满 ...

人的一生就像做梦,只有等你老的时候才知道.人这一辈子最终所拥有的只是记忆,除了记忆还是记忆.你所获得到的任何对于你的老去将是可怕而绝望的过场罢了. 五十岁以后的你应该是逐渐回复平静生活的时刻:五十岁以 ...

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