技术贴 | 16S专题 | 简单介绍如何用自己的笔记本处理高通量16S数据 / 开普饭

有一天我在网上发现了这篇文章(当然我是后知后觉): 看到了这张图片: 穷人总是想法多,处于做功能预测的需求,而且本人做的是土壤,我看到这里,就想尝试一下这种方法: 官方网址:http://tax4fu ...

首先提出一个问题:我们在测序公司得到数据,可能他们会给跑出otu.table文件,但是没有进化树,在影响到了后续的Aplha,beta多样性分析: 让我们开始解决这个问题: # 物种注释(如果没有注释 ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

首先Qiime官网命令都集中在这个网址,大家可以收藏,随用随查: http://qiime.org/scripts/index.html 这次我们关注的是聚类OTU,与其相关的命令如下: 这里主要有三 ...

还记得昨天最后一条命令吗? single_rarefaction.py -i otus/otu_table_mc2_w_tax.biom -ootu_table_even6073.biom -d 60 ...

今天我们来一起学习一下PCoA分析:PCoA可以使用很多种距离的相异或者相似矩阵: 基于关联矩阵,所以它也会有表征其重要性的特征根: ################################# ...

本文作者:xph phyloseq 对象构建为何要使用 phyloseq 简称ps.公众号推出的多篇教程中,均使用ps对象,其可实现多种分析与可视化,无需再为数据形式而烦恼. 本次推送提供两种生成方 ...

翻译:文涛写在前面: 最近一段时间面临着各种各样的问题和挑战,总在寻求一种可以权衡,理解,解释,解决之道. phyloseq:使用R语言分析微生物群落(microbiome census data) ...

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读明明测了100000条序列,为什么我用dada2得到的OTU丰度只有8000?是人性的扭曲还是道德的沦丧? ...

导读网络上有很多16S rDNA扩增子测序数据的详细分析流程.但是很多初学者在拿到测序公司给的测序数据时,仍然不知道从何下手.究其原因,我们从测序公司拿到的数据是五花八门的,网上的分析流程虽然详 ...

编前语随着假期的结束,老师们的数据分析结果也陆陆续续回来了或即将回来. 然而,面对一大堆的图表文件,是不是有种明知此地有宝藏却不知从何寻起的懵圈感? 没关系,在接下来的一个月里,小编将在每周五和您一 ...

时间:2018/3/13 16:27:57 作者:翻堆机翻堆机: 常用的肥料有很多种,不同的肥料性状有别,用法也各不相同,有的适宜作底肥.有的适宜作追肥,有的适宜作种肥,不同的作物对化肥 ...

我们对世界的认知总是片面的,主观的,如同盲人摸象.这是没有办法改变的事实. 无论你怎么努力,你对事物的认识都不能达到客观真相. 这也是索罗斯的交易理论的基础. 因为人们的认知错误,市场会扭曲,扭曲到一 ...

珍珠有着"珠宝皇后"的美誉,其制成的珍珠项链拥有着无可比拟的高雅气质,是众多女性朋友出息重要场合的必备之物,近年来,随着各种设计理念的创新,珍珠开始与黄金.铂金等各种材质搭配,珍珠 ...

重晶石是以硫酸钡(BaSO4)为主要成分的非金属矿产品,纯重晶石显白色.有光泽,由于杂质及混入物的影响也常呈灰色.浅红色.浅黄色等,结晶情况相当好的重晶石还可呈透明晶体出现.重晶石系硫酸盐矿物.成分为 ...

有人问,除了天大和南开,天津还有什么好大学? 这个问题很好,天津大学和南开大学名头太响,在它们的光芒之下,很多天津的大学都是默默无闻,其实还是有不少好大学的,否则大家也不会羡慕天津考生全国最高的一本录 ...

前几天,我写了一篇三峡大学的文章,有人说,三峡大学叫长江大学,就更有气魄了. 我不知道三峡大学有没有想过长江大学这么名字,不过2003年之后,它就没法想了,因为有了长江大学了. 三峡大学主要是水电.电 ...

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