(18)一个mRNA-seq实战-生信菜鸟团博客2周年精选文章集 / 开普饭

当我们需要一些NGS数据时,一般会去NCBI或者EBI的数据库中下载.但是当我们用wget下载时,时常会出现断开连接或者网络下载速度缓慢,对于几十G或者上百G的数据,下载无计可施,这是则可以使用Asp ...

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

WES就是通常我们说的全外显子测序,已经逐步应用到医疗领域了!本次例子的测试数据就是一个自闭症家系的全外显子测序数据结果,我本来雄心勃勃的想帮助他解决病因的问题,后来发现我还是太嫩了,只是会一点数据分 ...

这个实例上部分包括: 如何用R包下载GEO数据(只限单一平台,其余平台需要修改下面的代码) 如何对GEO的芯片数据归一化并且得到表达量矩阵, 如何用limma包做差异分析, 对找到的差异基因如何做GO ...

本次讲解选取的文章是为了探索PRC1,PCR2这样的蛋白复合物,不是转录因子或者组蛋白的CHIP-seq,请注意区别! 这是一个系列帖子,你可以先看: 一个表达芯片数据处理实例一个RNA-seq实战 ...

其实我现在已经不写软件教程了! fastqc对原始测序reads质控 NCBI的blast++软件使用说明书 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式目录一:下载安装该软件 ...

生信常用论坛seq-answer里面所有帖子爬取生信常用论坛bio-star里面所有帖子爬取这个是爬虫专题第一集,主要讲如何分析bio-star这个网站并爬去所有的帖子列表,及标签列表等等,前提是 ...

目录如下: 生信人必学ftp站点之NCBI-GEO 脚本作业-解读NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息 NCBI的taxid简单介绍 NCBI的基因entrez ID相关文件介绍请直接看我博客吧 ...

这个我非常喜欢,目录如下: 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-NCBI下载对应关系 gene的各种ID转换终结者-biocond ...

主流有3个,我只介绍了两个: 用crossmap代替liftover做基因组坐标转换 liftover基因组版本直接的coordinate转换其实国际三大主流生物信息学数据库运营单位都出了自己的基因 ...

搞生信研究的,大部分数据都是针对于人类的,那么人类的参考基因组就不得不知了! 与hg19的突变相关的一些数据解释. Hg19基因组的分析 R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UC ...

(18)一个mRNA-seq实战-生信菜鸟团博客2周年精选文章集