你确定你的差异基因找对了吗？ / 开普饭

前两天我们对GEO数据库来了一个大致的介绍GEO数据集详细介绍GEO数据库介绍 (一).我们对于目标数据集,我们做的第一个事情就是差异分析,来寻找有差异的结果.所有的表达芯片做的差异表达分析都 ...

昨天我们GEO数据库的检索方式.但是对于里面的每一个数据集内容没有详细的解释,这次呢,我们就来介绍一下每个数据集里面包括哪些内容. 这次我们用GSE79973数据集进行介绍.(https://www. ...

之前在介绍GEO数据库数据分析的时候,我们介绍过GEO2R这个在线的分析GEO芯片数据的工具.但是对于GEO里面的一些二代测序的数据,就没办法进行分析了.最近新发布了一个在线的数据库eVITTA,则可 ...

GEO虽是一个宝库,但是使用GEO进行数据分析可不是一件简单的事! 首先,GEO的数据检索非常不方便,例如,我想获取有预后信息的乳腺癌数据,显然使用GEO官方检索起来很难. 其次,GEO大部分数据都基 ...

GEO2R是GEO在线分析工具,基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析.该工具主要针对芯片数据,借助R 及Limma包完成分析过程,用户只需要在网业上进行简单的点击等手动操作即可获得分 ...

编译:菜鸟菠萝,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读烟草是一种重要的经济农作物,叶片是重要的芳香生物活性化合物(如酚类和生物碱)的来源.在本研究中,采用无偏转录组学和代谢组学方法来鉴 ...

不知道大家做生信分析的时候,有没有遇到做差异分析的时候没有得到一个差异基因的情况,反正笔者遇到过好几次,无论是GEO数据还是别人给的测序数据都遇到过没有差异基因,哪怕是使用最低的过滤标准都遇到过. 现 ...

任务载入表达矩阵,然后设置好分组信息用DEseq2进行差异分析,也可以走走edgeR或者limma的voom流程基本任务是得到差异分析结果,进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点. 了解差异基因 ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

文章标题是:Tinagl1 Suppresses Triple-Negative Breast Cancer Progression and Metastasis by Simultaneously ...

差异基因分析确实是人尽皆知了,不管是表达芯片还是RNA-seq测序拿到的表达矩阵,都可以走差异分析策略,哪怕是蛋白质组和代谢组拿到的矩阵,也是如此,其实图表没啥子区别.差异分析,火山图,热图等等标准流 ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第3篇) B站课程<三阴性乳腺癌表达矩阵探索>笔记之文献解读三阴 ...

一个学徒跟着我做了七十多个转录组项目了,但是一直不能理解,凭什么这样的高通量筛选就能定位到具体的一两个基因. 为了帮助他理解生物学的混沌思想,我特意给他找了一个与2018年2月发表在CELL杂志的文章 ...

作者 | 单细胞天地小编刘小泽课程链接在:http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55 这次会介绍如何对不同谱系的差异基因分类注 ...

你确定你的差异基因找对了吗？