有些批次效应是不可能被矫正的 / 开普饭

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

学徒已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是YuanSH的分享首先要了解一下什么叫批次效应那么如何解决批次效应呢? limma 包中 removeBatchEffect 函数中出 ...

最近接到粉丝求助,他最近在跟着我B站课程和GitHub代码处理GEO 芯片: GSE113486 GEO平台已经进行了log2 转换和 Normalized signal intensity by ...

推荐:江舜尧编译:卓求编辑:十九伦敦玛丽女王大学威廉·哈维研究中心David William Randall教授等人于2019年9月2日在Microbiome发表题目为<Batch eff ...

一般情况下我们最好是在实验设计上就考虑到这一点. 但很多时候,数据分析者往往身不由己. Stanford 大学在MOOC上面的公开课:PH525x series - Biomedical Data ...

前面我在生信技能树推文:你确定你的差异基因找对了吗? 提出了文章的转录组数据的60个样品并没有按照毒品上瘾与否这个表型来区分,而是不同人之间的异质性非常高,这个时候我提出来了一个解决方案,就是理论上就 ...

写教程的话,我的优点仅仅是量大,坚持了七年多写了超1万篇教程.但实际上绝大部分都浮于表面,深度不够. 恰好最近看到了一个超级优秀的博客,安排了其中几篇给学徒们翻译和理解,超级值得读! 阅读前面的翻译稿 ...

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最近有粉丝咨询我多个gsea数据集整合时候的批次效应的处理,我看了看,有affymetrix,agilent,illumina的芯片数据,还有测序的转录组,我勒个去,感觉是在集邮一样,然后邮件附上了一 ...

最近参加了生信技能树曾老师的GEO数据挖掘月学徒培养,对一些文章中的GSE数据集走标准化分析流程. 小洁老师在去除批次效应的探索文件里给出了两种方法,一个是用R包limma中的函数removeBatc ...

有些批次效应是不可能被矫正的