ID转换大全 / 开普饭

NCBI网站是最常用的生物信息数据库之一,集成了pubmed,genebank等子数据库.最简便的用法当然是直接在网站上检索,为了方便检索,NCBI提供了自己的检索系统,称之为Entrez. 对于想要 ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

写在前面昨天我们介绍了三个ID转换的工具: DAVID.g:Convert 以及 biomart,但是这个工具内置的数据怎么样并不清楚,所以今天就来评价一下这几个工具吧. 数据准备由于我们使用最多 ...

<KUWO音乐网ID转换MP3网址(歌词)>能将酷我音乐网的音乐ID转换为可供外链的MP3网址,如该歌曲配有动态歌词,就会转换为LRC歌词.如果转换成功立即播放.显示同步歌词,并可复制转换 ...

有学员提问: 请教老师,在分析一个芯片数据时候,遇到这个GPL16686平台,直接看平台信息里面的表格如图,找不到基因名,所以不知道该怎么办,ID转换就卡死了,后续的差异分析,火山图,热图等等都无从下 ...

芯片分析中经常会遇到Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片,由于目前还没有现成的R包可以用,因此分析方法也不统一.见生信技能树Jimmy老师HTA2.0芯 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

最近学员群又有人问到了 Agilent-012391 Whole Human Genome Oligo Microarray G4112A 这样的芯片数据,我让学生打包数据成为rdata发给我,我检查 ...

最近咱们<生信技能树>的VIP答疑群,有这样的提问: 我觉得很有代表性,很多人仅仅是学了个皮毛,知道是需要进行ID转换,也能够运行代码.但是却搞不懂,不理解自己为什么进行ID转换,以及 ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

写在前面我们在使用TCGA数据库的时候,从TCGA数据库下载到的数据,使用的原始数据ID是ENS ID.对于这样的ID号,我们一方面不认识他们是什么,另外如果要做下有分析的话,很多数据库也不接受这样 ...

ID转换大全