生信分析人员数据处理脚本实战 | 生信菜鸟团 / 开普饭

写在前面我们在处理GEO芯片数据的时候,经常会碰到芯片的数据的注释文件没有提供基因名,只有基因的序列.替代的解决办法就是对所有的注释数据来进行批量的blast,利用注释文件提供的序列来通过blast ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

写在前面 <-零命令行-生信下游数据分析>的第一帖主题,定为序列提取.因为序列提取,可以说是目前最常见的生信下游数据分析需求,其主要见于场景: 1.物种基因组已公布,但没有对应的数据库,而 ...

写在前面通过我几天的学习,我发现,seqkit十分好用,将序列的各种操作都囊括进去,加入多线程,我个人认为这将是非常好的胶水,在处理无论是基因组还是其他组学.定是一个必学神器.注意一下教程在0.15 ...

前面我带领大家通过IMGT数据库认知免疫组库,而且也一起从IMGT数据库下载免疫组库相关fasta序列,免疫组库重要的研究对象就是分成BCR的IGH,IGK,IGL这3类,以及TCR的TRA,TRB, ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

WES就是通常我们说的全外显子测序,已经逐步应用到医疗领域了!本次例子的测试数据就是一个自闭症家系的全外显子测序数据结果,我本来雄心勃勃的想帮助他解决病因的问题,后来发现我还是太嫩了,只是会一点数据分 ...

这个实例上部分包括: 如何用R包下载GEO数据(只限单一平台,其余平台需要修改下面的代码) 如何对GEO的芯片数据归一化并且得到表达量矩阵, 如何用limma包做差异分析, 对找到的差异基因如何做GO ...

转录组如果只看表达量真的是超级简单,真是超级简单,而且人家作者本来就测是SE50,这种破数据,也就是看表达量用的! 首先作者分析结果是: 数据在GEO地址是:https://www.ncbi.nlm. ...

本次讲解选取的文章是为了探索PRC1,PCR2这样的蛋白复合物,不是转录因子或者组蛋白的CHIP-seq,请注意区别! 这是一个系列帖子,你可以先看: 一个表达芯片数据处理实例一个RNA-seq实战 ...

作者注:虽然是实战,其实只能称得上学习笔记而已,初学过程中参考了大量博客和帖子,还有大神引用的大牛的帖子,参考列表见最后. 1.软件安装 1.1 硬件系统情况系统:BioLinux8(ubuntu1 ...

五年前作为一个初出茅庐的菜鸟生信工程师苦于没有专业交流社群,遂自建了生信菜鸟团QQ群和博客,一点一滴积累了数万人气,进而和若干圈内好友组建了生信技能树联盟,三年前的直播生物信息学编程活动细节还历历在目 ...

前面我更新了针对生信工程师R语言入门指南,见:生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) ,广受好评,反响热烈,趁热打铁我应该把剩余的3个知识点也认真系统更新一下,恰好昨天授课讲解的就是linux学 ...

继生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 和生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版) 后又一重磅指南! 作为一个生信老人,我自己是没有太多时间分配给python学习啦,所以本文特 ...

-Probi与澳大利亚拉筹伯大学共同开发针对骨骼健康的益生菌组合瑞典益生菌公司Probi与澳大利亚拉筹伯大学达成协议,共同研究益生菌如何促进骨骼健康,尤其是微生物在骨骼代谢,骨骼结构密度强化等方面的 ...

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